九月一日，叛军全部退回登州，官军把登州团团包围。
登州城三面环山，北面向海，易守而难攻。
当天，巡抚朱大典，监护高起潜等召集众将，商议破城之策。
原本围城官军近三万，另有古北口参将牟文绶，江北总兵杨御潘等带兵从莱阳方向合围而至，官军合计超四万之众。
高起潜看到官军十里连营，兵马无数，不由心中胸心万丈，上午中军大帐议事时，高起潜执意蚁附攻城。
大军先从莱州各地征调工匠和民夫，又从四周收集民壮。
但叛军肆虐登莱，十室九空，附近实在是抓不到什么民壮，磨了十天后，才凑到两千多人，又从降军中凑了两千，再打造攻城器械，准备蚁附。
丁毅借着这时间，让徐敷奏用他的船，把他得到的战马送往旅顺。
因为徐敷奏还有从皮岛带来的水师战船三十多艘，之前是在莱州湾，上面还有两千皮岛水师。
在他们围住登州后，丁毅知道这场围城战，要打好几个月的，当下找到徐敷奏让他派水师把自己在程郭镇的三千多匹战马送回旅顺。
本来水师的调动最好要报经高起潜，朱大典他们的，但丁毅拍着胸脯说，围城要几个月，徐大哥你放心，不会误事。
徐当然无条件信任丁毅，也没向上面汇报，立马安排水师，帮着丁毅把先期夺到的战利品，大量的马匹和兵器甲衣给运回旅顺。
丁毅做为答谢，分了五百匹马给徐敷奏。
从莱州湾到旅顺也要不了几天，全程逆风来回也才四五天。
但因为马多，就这样来回送了五次才把所有的马给送回去，丁毅索性又把近程郭镇三千俘虏也送回了旅顺，其中部份都是原东江精兵。
这些人不是投降后金的，和旅顺同根同源，回去之后，稍加训练，发出饷银，马上就能成为自己人。
他还请徐在破城之后，不要再杀降，每抓一个降兵，他拿一两银子来换。
徐敷奏听完大怒，说，大伙都是兄弟，你岂能用银子侮辱我，（当然之前用银子侮辱的事就不说了），俺分文不要，帮你抓人就是。
九月中旬，官军准备妥当，开始攻城。
当天高起潜再升中军大帐，开始命令。
因为登州只有南面地形最好攻，所以下令陈洪范，刘泽清，刘朗佐，邓玘，牟文绶等率步兵先蚁附。
吴襄，祖大弼，张韬等率骑兵侧应，以防城中叛军杀