黑田官兵卫的谋略非常的有效，在得不到外界援助的情况下，在同年的十二月下旬两方决出了胜负。城井镇房接受了猴子的领地安堵的条件，接受了丰臣家的降服要求，将自己年仅十三岁的女儿阿鹤作为人质送给了猴子，猴子如愿以偿的干了宇都宫家的女儿，出了一口恶气。
黑田官兵卫想要对城井镇房一族进行怀柔政策，并且将其收为己用，只不过这个时候黑田长政已经接到了丰臣秀吉的任务，必须将城井一族全部除掉，以便彻底解决他们家族在未来可能的威胁。
天正十六年（公元1588年）四月二十日，黑田长政将城井镇房招入当时黑田家在丰前国的居城中津城之中，当时黑田官兵卫正带着自己的黑田家老臣派武士团，在合元寺的据点之中，正在镇压肥后国的国人一揆，城井朝房当时也在军势之中。
城井镇房招进入中津城之后，在黑田长政为他准备宴席之上，将手无寸铁的城井镇房谋杀当场，当时随着城井镇房一起入城的小姓松田小吉等十多人，全部被斩杀在本丸的院子之中。
城井镇房的父亲城井长，在稍后黑田长政带领的黑田家大军，进攻城井谷城的时候，被黑田家武士杀害。
四月二十二日城井镇房的女儿鹤连同她的十三位侍女一起，被黑田长政带人在山国川畔的广津千本松河原磔杀。磔杀乃是一种酷刑，是通过肢解人的四肢，将人杀死的残酷的刑法。
当这些消息传到合元寺的时候，黑田家的军势已经快要平定肥后国的国人一揆了，黑田官兵卫虽说非常欣赏城井朝房的能力，也非常希望城井家能够为自己所用，但是现在人家的一家人都被自己的熊孩子给杀了，自己还能够怎么办？
因为城井朝房的武艺实在是太高了，黑田家无人可敌，于是黑田孝高只能够假装召城井朝房议事的时候，将之杀害，一代猛将就这样稀里糊涂的死于非命，同行的城井家之人也被黑田家悉数斩杀在合元寺的阵中。
或许是老天有眼，城井朝房已经怀孕的妻子龙子，在黑田家对城井家的剿灭之中逃过一劫，诞下了城井朝房的唯一存活的子嗣宇都朝末，城井朝房的孙子宇都信隆（高房）后来受到了越前松平家招揽，成为其家中的武士，城井氏的血脉也因此得以保存。
这就是从城井镇房开始的城井家的兴衰过程，我们可以看到，黑田官兵卫实际上是很想要城井家为自己效力的，而这一切都坏在了黑田长政的手里，至于丰臣秀吉为什么要指使黑田长政剿灭城井家一族，其想法还真的是不好说