什么？这个其貌不扬的神父竟然是他，历史上的路易斯·弗洛伊斯于永禄五年（公元1562年），作为一名传教士来到了日本，希望能够将上帝的福音带给这莞尔小国。
弗洛伊斯先是在北九州地方传道，这就是他九州岛国话口音的由来。他在两年之后已经能够比较熟练的掌握岛国方言，从而能够和本地的教众们直接对话，并传播主的信息。
他于永禄七年（公元1564年），也就是他来到岛国之后的第三年，在完全适应了这边的环境，并且对于这边的传教有了一定的了解之后，受到教会的命令前去京都，帮助在那里传道已经七年的伽斯帕尔·比勒拉，这个家伙也是一名神父。
在此期间他除了在京都一带传教，还对自己所看到京畿地方的文化，以及风俗作了极为详尽的记述，这也是他之后写就《日本史》的基础之一。
永禄八年（公元1565年），位于近畿的三好家的三好三人众与松永久秀共同谋杀了十三代将军足利义辉及其一族，另立足利义荣为十四代将军的时候，在纷乱之时，像天主教这样的势力，也势必遭到一些保守派的挤兑。
因为三好家对于近畿统治加强的需要，所以对于天主教是保持反对态度的，于是弗洛伊斯被三好家赶出了京都，之后在堺町的南蛮区避难了整整四年，不过这段时间之中，他仍然在艰苦的环境下，继续着自己宣扬上帝是如何伟大、仁慈这样的工作。
天正四年（公元1576年），他移居丰后在大友义镇的手下生活了四年，大友义镇乃是天主教信徒，所以给他传教提供了极大的便利，由于耶稣会巡查员亚历山大·步瓦利尼亚诺来到岛国，所以佛洛伊斯作为翻译再次前往京都。
在本能寺事变之后天下局势发展已露端倪，天正十四年（公元1586年），佛洛伊斯随同副教区长伽斯帕尔·柯厄略巡视各地，并前往大阪谒见丰臣秀吉，还受到了猴子的款待，也取得了丰臣秀吉对天主教在日本传播的支持。
翌年，丰臣秀吉讨伐九州后，看到天主教在九州大名和民众中的强烈影响时感到不安，深恐产生一向宗那样的号召力，接着就颁布了著名的“传教士追放令”，之后佛洛伊斯主要住在加津佐、长崎等地。
庆长元年（公元1596年）八月，西班牙商船圣·菲利浦号遭风暴袭击漂流至土佐浦户，其中一船员向前来例行检查的京都所司代前田玄以口出狂言，说西班牙先用教士驯化民众，而后将要对岛国进行全面的征服，我们的猴子闻知此言后勃然