建言献策，六科总给事参预国策会议。“
先是以国策会议来限制整个国务殿，而后又通过通政使司把国策会议与都察院、六科相连，制衡整个国务殿。而在国务殿内部，各领一部的国务大臣也相当于各有两票，在国策会议上是能对总理国务大臣施加压力的。
但这还并没有结束。
“除御书房首席外，都察院下设之协理京营戎政参预国策会议。武英殿设军务会议，设总参谋一人，参谋若干。军务总参谋其一，五军都督府其一、京营提督其一，治安总长其一，税课总长其一，则国策会议共计二十四人列席。每三年一次之扩大会议，便如今日一般，另有多员列席。”
军方在国策会议上的话语权进一步被提高，原先只有一个崔元代表五军都督府的勋臣，只有杨一清一个边镇重臣名列其中、先由王守仁后由姚镆代为出席，现在则总共会有五个人与军方利益挂钩。
最顶层的架构确定了，接下来则是六部和其他诸衙。
这些部门，或多或少都与广东新制要挂钩。其中，礼部在文教方面单独设立了文教清吏司和宗教司，工部专设了技理清吏司，户部专设了一个品级上几乎处于平行状态、首官是从二品的税课总司，兵部则新设了募兵和武备两司。
与之相对的，是六部底下的诸司都由某右侍郎领办，因此右侍郎数目大大增加；而各司日常负责公务的总司，则定为了正四品。
再之后是太仆寺。这个马政被群牧监拿走之后的部门改动最大，它新的身份变成了治安总司。
部门没有了，管马政的官员也与这条线不搭界，但是治安总司一下从相对边缘的部门变成了极为重要的一个部门。
这个治安总长可是能参预国策会议的，正二品武官品衔！
至于光禄寺、太常寺、行人司、僧录司、道录司、上林苑监等，或者并入了六部等衙，或者即将改成某部下面的企业。
最后则是翰林院。
“兹复翰林囊括百艺万法国士之意，下设文华苑、经史苑、百工苑，翰林学士此后为功衔，无功不得授。除百工苑外，其余如旧，文华苑下待诏房仍设宫中。”
从非翰林不入阁到无功不授翰林，从进士佼佼者到百工苑的设立，翰林清流的上升途径这下是完全被改变了。
皇帝的意愿过于明确：重实务、重效率。
为此，不惜给出了更多的四品以上官位，不惜放下了部分政务可由国务殿自主决定的权力。