虽然同被称为东印度公司，但英国、荷兰，还有后来成立的法国的公司，其在组织结构和营运方式上却各具特点，有很大的差异。这种差异对三家公司其后的历史发展也有着重大意义。
对于法国公司，之后会专门进行论述。在这里，首先介绍17世纪中叶经营管理已经步入稳定时期的荷兰和英国东印度公司的公司组织结构和营运方式。
由六个城市的公司合并而成的荷兰东印度公司拥有相当复杂的组织机构。说到公司，我们一般首先会想到总公司的存在，但荷兰东印度公司却没有总公司，有的只是在联合公司成立之前设于各城市的称为卡梅尔（carl）的六个分部。各分部拥有自己的造船厂，独立舾装后派遣船只前往东印度。但如果各分部各自为政、胡乱派船的话，就不能称为联合公司。关于公司的整体经营，由各分部的代表约60人组成董事会来负责。在董事会董事的构成上，阿姆斯特丹有20人，泽兰有12人，其他四个分部则各有7人，董事这一职位起初是终身制。
在东印度公司成立前各個城市自行航海的时代，计划并资助航海的人要负无限的责任，但在东印度公司成立之后，这种责任就变成了有限的。即便如此，最大分部的董事至少必须出资6000荷兰盾，万一公司出现亏损，必须首先使用这些资金来填补亏空。但在特许状中，关于以公司名义负担的针对第三者的债务，则明确注明他们无须承担。这种有限责任制被现代的有限责任公司所延续。起初，董事的收入因每次航海的利润不同而上下波动，1647年，公司引进薪酬制并实行固定工资制。
另外，一般的公司股东，最低也能收到10左右的分红，平均则能收到20，但他们对公司的决策和经营方针没有任何影响力。这一点和后面提及的英国东印度公司的情况大不相同。还有，公司不发行股票，出资者及其出资额只是计入公司的账簿而已。但由于拥有稳定的高分红率，荷兰东印度公司的股份大受欢迎，据说最高时曾按照400以上的溢价率进行交易。
对于公司的实质性经营方针，由董事中选出17位重要董事开会决定。该会议也被称为“十七人会议”。每年召开两到三次。在这17人中，阿姆斯特丹有8人、米德尔堡（泽兰）有4人、其他四个分部各派1人，最后1人由阿姆斯特丹以外的五个分部轮流派人担任。之所以采取这一做法，主要是出于避免让阿姆斯特丹的重要董事超过半数的考虑。十七人会议的会场有六年设在阿姆斯特丹，其后的两年则设在米德尔堡。