在秦锋的威慑之下，下场的秩序有所好转，但是当时聚集在下关码头的人实在太多了，而且城内仍然不断的有人涌到下关码头，使得现场仍然十分的混乱。
在独立团士兵的指挥下，溃兵和逃难的百姓开始分批上船，船只相继驶离码头开赴对岸。经过这几天的努力，独立团收集了大量的船只，但是一次性也最多只能装载几千人过江，然而下关码头聚集的人实在太多了，短时间内也根本无法将所有人全都运到对岸。
于此同时，逃到下关的部队和百姓也在想尽一切办法渡江，马嘶人喊，人员嘈杂，伤兵勉强拄着棍子也跟在后面。码头上的人如同热锅上的蚂蚁，乱成一团。第74军军长俞济时有路子找了1艘小火轮1次可以装300多人，不间断的开始运输溃兵过江。第88师第264旅的辎重营在下关控制着一批木船，也在抓紧时间抢运第88师的溃兵。教导总队和第36师也都分别控制了一批船只，马不停蹄的将溃败下来的部队不断的运到江北，然而船只还是太少了，大多数人根本无船可渡。
有的人等不到船只，便拆卸门板等物，自己动手扎建简易的木筏准备渡江，甚至是泅渡过江，然而只有少数人成功，许多人因为江流汹涌，又不善游泳，而被活活淹死。
也并不是所有的部队都违抗命令撤往了下关码头，属于粤系的第66军和第83军一部在军长叶肇和邓龙光带领下向正面突围，在付出巨大代价后成功突破日军包围，第159师代师长罗策群战死。当时日军虽然包围了南京，但是后方却是空虚的，因此这些部队在突破了鬼子的阻击之后，反而成功的突围到了后方。
而且有的高级将领在开完会之后，就提前跑路了，根本不顾下面士兵的死活，导致一些部队根本不知道撤退的命令。例如教导总队第三旅，当天夜里还在紫金山与日寇拼死搏杀，根本不知道撤退的事情，等到其他部队都撤走了，旅长马威龙才得知消息，随后带着部队穿过敌人的间隙突围，转移至皖南一带集结待命。
在下关码头，秦锋见到了宪兵司令萧山令将军，此时萧将军正带着手下的宪兵负责维持秩序，指挥部队过江。得知独立团赶到下关的消息之后，萧将军特意找到了秦锋，在两人的共同努力下，下关的秩序才得以恢复了一些，没有产生更大的混乱。
经过一夜的忙碌之后，在独立团的努力下，聚集在下关码头的数万军民得以成功渡过长江，然而此时下关码头上，还聚集着大量的溃兵和逃难的民众来不及过江。