就开始琢磨应对邓世昌的事情，邓世昌来了肯定要说招安的事情，我现在的部下有三批人，第一批是致远舰水兵，第二批是从日本解救的步兵，第三批是在南洋收拢的人马。
这三批人里面，第三批人对邓世昌个人毫无好感，对清廷的招安自然不感兴趣，可是不用担心，第二批人应该没几个人听过邓世昌，虽然邓世昌在自己的时代很有名，可是在这个时代，他不过是个副将，清国的副将多了去了，邓世昌对他们也毫无诱惑力。
第一批人恐怕是对邓世昌的招安最无力抵挡的人，这些人包括余锡尔、刘大明、孙勇、马成风，还有四名水兵，被自己留在炎黄城的海军军官军校任教了，邓世昌的个人魅力很强，这些人很有可能被他“诱拐”到清廷那边去，他们都是舰队的骨干，绝不能让他们被清廷招安走。
林飞于是发出命令，调这四个人回来，到11月22日，台北和基隆的日军全部撤走，由于日本刚刚进入台湾不久，所以没有多少民间势力进入台湾，台湾于是便没有了日本人。
林飞把指挥部搬进台北，台北曾经是台湾最大的城市，颇为繁华，1885年的时候，台湾建省，首任台湾巡抚刘铭传将巡抚衙门设在台北，到1894年，时任台湾巡抚邵友濂将省会搬迁至台北，台北逐渐成为台湾的政治中心。
林飞为了不刺激清廷，没有立刻宣布台湾解放，而是低调地在台北和基隆贴出告示，安抚民心。
林飞的改革工作也在踏踏实实地进行，首先改革的就是土地制度，此时的台湾有官田和私田，官田就是原本属于清廷的国有土地，这些土地自然被林飞收为己有，私田则区别对待，把地主的土地分给少田的农户和无田的佃户，稍微富裕一点的农民允许其自留土地。
台湾的各个部族也有土地，这些土地被清廷称为“番田”，林飞首先取缔了“番田”这个称呼，严禁以“番”这个词称呼各个部族，然后允许各个部族自行处置自己的土地。
其次改革的就是工业，刘铭传从1885开始经营台湾，在台湾留下了不少厂矿，甚至还有铁路，这段铁路从台北到新竹，铁路是林飞十分看重的东西，于是林飞把这段铁路上的技师等人才全部组织起来，留待己用，对其余的厂矿，则帮助他们恢复生产。
11月25日，余锡尔、刘大明、孙勇和马成风四人来到台北，在饭桌上，林飞把邓世昌要来招安的事情说了出来，余锡尔首先愤然说道：“我们和清国一样，是一个独立的国家，清国凭什么招安我们？”