对于黄立极的担忧，朱由检并没往心里去。在他所熟悉的历史中，崇祯登基没几年之后，陕西农民起义军就突破了陕西地区，冲进了河南、湖广和安徽、四川等地。
地方上简直是毫无抵抗之力，一方面是大明腹地军队实在是腐化到了极点，另一方面则是各地缺乏一个防御指挥中心。
而明亡之后，随着北京朝廷中枢的被消灭，立刻使得大明各地的地方势力失去了共同效忠的对象，明朝的地方军队也迅速走上了军阀化的道路。
这也使得后来成立的南明小朝廷，始终无法整合各地的地方势力，建立起一个有效的统治秩序，只能成为形式上的共主。
当南明小朝廷也被灭了之后，南明各地的地方势力就连名义上的共主都找不出来了。各地效忠明朝的势力，因为过于分散和琐碎，且支持对象不一，最终无法联合，反而被清军一一击破了。
最为可笑的就是，这些士大夫之间的内斗，甚至逼迫了部分地方士绅和将领倒向了满清，完全就是自掘坟墓。
有鉴于此，朱由检才想着设立总督区和地方都督府，加强大明地方的行政核心，防止再出现如同南明式的最坏结局。
他想了想才说道：“黄先生担忧的，是总督掌握了地方军政大权之后，走上藩镇化的道路。朕也觉得有这个可能性，但这不是朝廷削弱地方治权的理由。毕竟，我们喝杯水都能噎着不是么。
朕觉得，朝廷真正需要做的，应当是如何防范地方出现藩镇化的倾向。藩镇之所以能成为藩镇，并不是某人或某一个群体有了割据地方的心思，而是朝廷对于地方政府失去了监管能力。
而地方政府之所以能够成为一个独立的藩镇，无非是掌握了不受监控的人事权、财政权和独立的军队。
现在设立的地方都督府虽然从属于总督区，但是地方都督府的人事权力归属于总参谋部和兵部，而三级武装力量体系中的野战军队，更是直接接受总参谋部的领导。只要野战军听命于朝廷，朕不认为地方上会出现藩镇割据的局面。
另外，朕打算改革内阁学士官制。内阁首辅依旧为中极殿大学士，而其他内阁大臣则全部改称建极殿大学士，中央六部及地方各总督加武英殿大学士衔，六部左右侍郎及地方巡抚加文渊阁大学士衔。
对于以上这些人员的任命，都必须经过内阁讨论，并报朕批准。此外，在没有确实证据的情况下，包括都察院在内的官员都不得公开弹劾以上人员。若是有确实的证据，也必须密报给内