研究，硫、磷、碳、锑、砷、银、铜、锡、铁、汞、金、铅、锌等13种单质元素。还有石灰、苦土、重土三种暂时不能提纯下去的土质。
通过对以上这些元素的重新确认命名，利用化学认识物质世界的大门终于打开了。把物质世界分离成一个个单独的元素，然后再把这些元素重新组合起来，在这一分一合之间，物质世界的奥秘就展现在人类面前了。
对于某些教士来说，这些化学实验的过程就像是在微观层面上复刻了上帝创造世界的神迹。朱由检原本以为，也许会有某些耶稣会教士对此感到被冒犯，而主动退出化学分院。但是他显然有些估计错误，这些耶稣会教士对于这样的化学实验，反而让他们觉得有些乐此不彼。
朱由检所不知道的是，耶稣会的创始人依那爵·罗耀拉，这位依那爵·罗耀拉一向鼓励会士研究学问，利用学术完成荣主救灵的使命。
后世网上曾经有个笑话，某次各个修会的神父在一起聚会，一屋人正在教堂做晚祷时突然灯灭了。
本笃会修士们按照记忆继续唱祷，一个词都没有错；方济各会修士们拿出吉他，创作了一首赞歌感谢天主赐予的黑暗姐妹；道明会修士们继续开始关于光是神圣知识的重要媒介的研讨；耶稣会士们提出灯突然灭了，是不是代表可以从此取消晚祷；
圣衣会修士们沉入一种缓慢的，有节奏的呼吸和冥思中…主持聚会的堂区神父起身来到地下室，找出工具箱上楼换了灯泡的保险丝。
可见在基督教的各个修会中，耶稣会教士对于学问的敬重，是最没有偏见的一个修会。
而崇祯除了为化学分院的研究员们做了一个化学研究的设计之外，他自然不会忘记开启现代化学工业的基础原料三酸两碱。
硫酸、硝酸、盐酸的实验性制法，东西方的典籍上都有过详细的记录。硫酸和盐酸都能用于纺织品的漂白、印染工序，对于纺织业是极为有用的化工原料。
不过三酸两碱的危险性，也是化工分院损失人手最大的罪魁祸首。不过也因此，化工分院终于建立了一套较为完善的实验室操作手册，而对于酸碱导致的伤害，也有了初步的急救措施。
而经过了几次事故之后，崇祯不仅下令在分院内设置一个医务所，还在化学分院的隔壁建立了一所医院。以保证在化学实验中受伤的人员能够及时得到治疗，虽然现在的医疗措施对于这种化学品伤害有些束手无策，但总算是打消了部分化学分院工作人员的畏惧之情。
朱由检