兵相比，四川明军显然要稍逊一筹，如果再被他们夺去了朝廷的资源，今后岂不是要让这些明军将领仰土司之鼻息，这个消息显然让四川明军的将领产生了抵触情绪。
而四川的文官系统同样对此感到不满，西南都督府的成立剥夺了他们对于军队的直接支配权力。这不仅让他们失去了分享平乱战功的机会，还让他们在经济利益上受到了损失。不管是战时的物资供给，还是战后对叛乱土司的土地分配，这都存在着极大的经济利益。
但是在奢安之乱前，四川、贵州除了成都平原地区外，其他地区都是土司力量占据优势。朝廷主要是依仗着占据了川、黔地区的交通要道和最为平坦肥沃的平地丘陵地带，把各家土司的地盘给分割开来，才在局部地区占据了优势。
奢安之乱后，四川、贵州的几个大城市被叛军屠戮一空，比如贵阳、重庆基本上就没多少人幸存下来，因此两省的缙绅势力自然大减，只有成都平原的缙绅躲过了一劫。
奢崇明虽然之后被重整旗鼓的明军打的连永宁老家都丢了，但是四川的缙绅也无法再如战前一般牢牢的控制住地方了。
没有了地方缙绅势力的支持，四川的文官力量显然就有些底气不足了。他们之所以还能压制住川、黔两省的地方军头，一则是依靠朝廷的威望，二则是依赖于入川的陕军和忠于朝廷的云南、四川大土司。
现在朝廷转而支持四川最强大的石柱土司来对川、黔两省的军政进行整顿，这些文官们除了一边向朝廷中的同僚师友告急，另一方面便是自动的联合明军将领，对西南都督府的成立进行阻扰了。
西南都督府建立后，秦良玉听从了尤世威和徐应元的建议，没有对川、黔两省的明军同时进行整顿，她一边向贵州的总兵官许成名示好，表示暂不对贵州明军的军制进行变动，又抽调了一部分贵州军的底层将校进入成都陆军军官学校学习，准备大用，获得了贵州明军将领的支持。
之后秦良玉命副将秦永成对四川卫所田地及重庆、永宁的土地进行清丈，并责令部分侵占了以上大片土地的将领和官员退回田地，对于有主的土地发还原主，无主土地则一并对卫所军士、川、陕、石柱军队的士兵家属进行授田。
这一举动，顿时让西南都督府和秦良玉本人获得了底层士兵和当地百姓的支持。但同时也遭受了明军中上层将领、当地文官、蜀王一脉宗室的痛恨。
在尤世威抵达之前，这些人正联合起来侵吞了，永宁土司及在叛乱中被屠杀的四川百姓的土地，