两名耶稣会的传教士和吕琦等人退出了房间之后，朱由检才起身对着金尼阁恭恭敬敬的拱手行了一礼，在金尼阁诧异于崇祯为何对着自己行礼时，朱由检才重新坐下对着他抱歉的说道。
“金尼阁先生和耶稣会中国分会的诸位传教士，为我大明带来了数千部书籍，还组织人手将之翻译成了中文，为欧洲和我大明的文化交流做出了杰出的贡献。在这一点上，朕要对你和诸位传教士表示感谢，这一礼朕施的心甘情愿。
但是对你最后的请求，朕却只能抱歉的再次拒绝，因为朕以为，开放传教的时机还没有到来。”
金尼阁对于皇帝的回答甚为失望，但他还是心有不甘的向崇祯询问道：“就外臣同陛下这段时间的接触看来，皇帝陛下对于我天主教的教义也并不是那么抵触，陛下也曾经说过，人民应当有信仰宗教的自由。而大明境内现在也不止一两种宗教，为何陛下不能对我天主教网开一面呢？”
朱由检拍了拍金尼阁的手臂，让他的情绪重新安宁下来之后，才真诚的说道：“金尼阁先生说的不错，朕的确说过人民应当有宗教信仰的自由，但是这里应当有一个前提，人民应当拥有分辨什么是信仰和什么是迷信的能力…”