在李晨芳从东路打到巴达维亚城下之后，三日后齐祖光也带着明军从西路打到巴达维亚，和李晨芳在巴达维亚的城下汇合了。和东路军相比，西路军的损失就好看的多了。明军中不少台湾高山族人极善于攀爬峭壁，而明军所进攻的塔拉汉港背面正是被印度洋拍岸浪击打出来的海岸峭壁，被荷兰人视为塔拉汉港天然的城墙，因此没有多加防备。
齐祖光在塔拉汉港正面发起了数次佯攻，吸引了守军的注意力之后，便于某个晚上派出了50名高山族士兵从塔拉汉港背面的海岸峭壁攀爬了上去，这些高山族士兵便趁着夜色夺取了塔拉汉港西北方最为重要的两座炮台，为明军第二天凌晨夺取港口建立了奇勋。
巴达维亚一直把西面视为安全区，便是因为塔拉汉港外礁石密布，地理上易守难攻，因此他们在这条道路上也没修建什么堡垒。明军夺取了塔拉汉港之后，前往巴达维亚的道路上倒是比西路军顺利多了。
再加上西路军摧枯拉朽的进攻，使得荷兰人再无心守卫城外的据点，就将东路的守军也撤回了城内。因此当李晨芳麾下的日军士兵看到几乎没有受到什么损失的明军时，不由大为震骇。以毛利胜家为首的日军军官再次将明军的战斗力估高了一个等级，这也使得刚刚经历了一场血战的大阪第二师团，在明军面前也依然不敢有所倨傲。
两军汇合之后，巴达维亚城外便出现了一只4000余人的大军，不过这只大军还是保持着从东西两面进攻巴达维亚的势态，南面依旧没有派驻什么兵力。
之所以会出现这种状况，便是因为巴达维亚的地形就是南高而北低，南面的森林和山脉每年下雨的时间超过300天，为巴达维亚带来了13条纵贯城市的河流，而城市南边也是沼泽最多的地区。这种地形自然是无法派驻军队围攻的，因此东协军队只能从城市东西两边进攻。
不过这时候李晨芳率领的东协陆军也遇到了一个麻烦，巴达维亚的雨季到来了。虽然雨季使得本地的气温降低了，但是也更容易引起野外露宿的士兵染上疾病，且极大的影响了东协军队火器的发射。
虽然看起来进攻一方的军队更为不利，但是城内的荷兰人却已经彻底丧失了作战的勇气。日本军队在东路的进攻，不仅仅吓到了大阪幕府的新军，同样也吓到了城内的荷兰商人及士兵。
荷兰东印度公司的职员并不是没有经历过殖民地战争，也不是没有见过凶狠而野蛮的土人。但是公司的职员从来没有害怕过这样的战争，因为他们知道胜利必将属于自己