后一任国王，在葡萄牙人看来，他们的不幸和屈辱都始于国王在阿耳卡塞尔-克比尔战死开始的。但是国王究竟是否真的死亡了，没有看到塞巴斯蒂昂尸体的葡萄牙人在经历了西班牙人给予的屈辱之后，选择了不相信。
葡萄牙人的这种独立情结，使得冒充塞巴斯蒂昂的冒险家层出不穷，而这些冒充者无一例外的被西班牙人给处死了。不过西班牙人可以处死这些假冒塞巴斯蒂昂的冒险家，却无法抹杀葡萄牙人越来越强烈的独立意愿。
特别是当西班牙深入的卷入了同欧洲各强国之间的战争中去后，西班牙人一边试图粉碎联合省的叛乱，一边处于和英国作战的边缘，同时还积极的干预法国的宗教问题。西班牙人四处竖立敌人的后果就是，使得原本和上述三国并无争执的葡萄牙商船遭受到了法国、英国、荷兰海盗的袭击。
葡萄牙人很快就发现，西班牙人挑起的怨恨，最终都会算在自己的头上。比如1588年西班牙人试图进攻英国，跟随着西班牙无敌舰队出击的葡萄牙舰队不仅和全军一起覆灭了，次年里斯本还遭到了英国海军的报复。
1594年菲利普国王试图给荷兰人施加压力，没收了特茹河上的五十艘荷兰船，并禁止葡萄牙人同荷兰人继续有商业往来。这导致葡萄牙人失去了最有价值的贸易主顾和向全欧销售的渠道。
到了1597年，荷兰人绕过了葡萄牙人直接前往东方购买香料，导致葡萄牙人失去了对于东方香料的贸易垄断权力。当1598年菲利普二世国王去世时，葡萄牙人发觉他们为了这位国王陛下已经掏空了国库，并消失了大部分的海军和商船队。
至于接下来的西班牙国王菲利普三世，他对于葡萄牙王国毫不关心，一生中只来过里斯本一次。他对于葡萄牙人许下的空洞诺言并不亚于其父，但是却从来没有实现过，反倒是多次违反了哈布斯堡王朝同葡萄牙王国签订的协议。
1621年菲利普三世去世之时，葡萄牙王国和西班牙王国之间的关系已经极端恶化，独立意识已经从一小部分贵族扩大到了全体葡萄牙人。
在菲利普三世的统治期间，葡萄牙王国的海外殖民地继续在萎缩，荷兰人对于巴西的贪欲已经不加掩饰，西非的葡萄牙殖民地也正处于被欧洲各国的攻击之中。
1608年荷兰东印度公司的舰队攻打了非洲东海岸的莫三鼻给，虽然埃斯特万德阿太德最终守住了莫三鼻给，但是这座城市已经成为了一片废墟。
之后的数十年里：在印度，荷兰人入侵