乌兰巴托蒙语即“红色英雄城”，对于皇帝为何要给这座新城取这样一个名字，其实阿敏、杜度等人也不是很理解。事实上蒙古人更愿意叫这座城市为库伦或是大库伦，毕竟这座城市建起的第一座建筑，就是一座黄教的寺庙。
哲布尊丹巴呼图克图，这座活佛据说最早降生于印度，是释迦牟尼佛的五百比丘之一，后转世在西藏，传世十五世至多罗那他，是乌斯藏觉囊派的高僧。万历四十二年，多罗那他应蒙古喀尔喀部的阿巴岱汗邀请前往漠北传经，深得喀尔喀部诸领袖人物的信奉和支持，逐渐成为当地宗教领袖，被尊称哲布尊丹巴，藏语意为“尊胜“。
崇祯七年，多罗那他圆寂，次年，喀尔喀诸汗王认定于明崇祯八年诞生于喀尔喀部的土谢图汗衮布多尔吉之子札那巴札尔为多罗那他转世，法号罗桑丹贝坚赞，想要立其为法王。
不过这个时候大明已经控制住了漠南蒙古诸部，开始向乌斯藏和漠北草原施加影响力，喀尔喀部诸首领擅自确定哲布尊丹巴呼图克图转世，不仅没有能得到西藏*喇嘛的承认，也遭到了大明的斥责。
直到喀尔喀三部向大明进献贡物，表示了向大明臣服的意思，崇祯才让柳敬亭和章嘉呼图克图前往漠北确认札那巴札尔为多罗那他转世，并进行了册封。借助这一册封行动，哲布尊丹巴呼图克图的活佛系统算是得到了中央认可，并建立了活佛转世需要中央派员确认册封的条件。
在册封了罗桑丹贝坚赞之后，崇祯决定在图拉河畔也就是林丹汗遇袭落败的地方为其修建一座寺庙，作为哲布尊丹巴呼图克图在漠北草原的驻锡地。而围绕这座寺庙，同时还起了一座城市，为崇祯命名为乌兰巴托。
蒙古人大多认为，英雄指的是落败失踪的林丹汗，这是皇帝为了纪念林丹汗所建立的城市。阿敏、杜度这些女真人自然不这么看，他们可不觉得皇帝对于林丹汗有这么尊敬。更别提，林丹汗也算不上什么英雄。
当然，对于崇祯自己来说。他只是顺口这么一说而已，念了这么多年的乌兰巴托，别人一问，他自然也就随口说了出来。事后当他反应过来时，也懒得再去修改了。
崇祯九年开始建设的乌兰巴托，到了崇祯十二年，也算是初见规模了。夹在南北两山山谷之中的乌兰巴托，东西两侧都是广阔的草原。北面的肯特山脉替这座城市抵挡住了来自西伯利亚的寒流，南面的山脉又称为了这座城市天然的屏障。
当初林丹汗如果不是过于大意了，多尔衮的突袭是不可能赢得如此完