赏功罚过，仅仅因为平息了这场兵变就要按照他们的汇报去奖赏，那么那些一直效忠于朝廷的蒙古将士岂不心寒？”
孙承宗沉默了一阵，方才提出了自己的看法，“可是陛下也当考虑下蒙古各部的感受，现在有这些察哈尔那颜们作证，袁崇焕诛杀勾结满人的衮楚克台吉，虽然其手法过于粗糙，但起码也还是师出有名。
可若是要处置袁崇焕，就得将袁崇焕的作为抖露出去。臣担忧原本已经接受现在这个说法的蒙古诸部，恐怕会因此对朝廷心生怨恨。这样一来，陛下对于蒙古诸部的爱护之情，也就无法让这些蒙古人理解了。
更何况，这些察哈尔那颜起兵反叛也只是一时冲动，否则也不会被柳敬亭、额哲等人轻易收服平息叛乱。既然柳敬亭、额哲他们已经同察哈尔那颜定下了约定，朝廷再以此为借口算后帐，恐怕也难令他们心服吧？”
朱由检正想解释，他并不是如孙承宗想的那样去处置，不过他心中的念头一转，出口却说道：“那么以孙先生的看法，这件事应当如何处置较好呢？”
孙承宗昨晚在家中也是半宿没睡，都在考虑一件事，那就是当袁崇焕被追究责任之后，总参谋部内部及朝堂上的政局会出现什么样的变化。
他反复思量之后，只是得出了这样一个结论。一旦袁崇焕被问罪，不管是下牢查办，还是保持颜面的勒令退仕，都可能造成总参谋部和朝堂上的混乱。
虽然崇祯对于袁崇焕一直不待见，但是在孙承宗、鹿善继和朝中其他文官眼中，这位却是总参谋部最好的继任者。一来他是进士出身，和白身的茅元仪相比，天然被文官们所乐意亲近；二来便是袁崇焕有知兵之名，特别是宁锦之战的资历，使得文官们认为，他在军事上还是有一定才能的。
因此，就算皇帝不怎么待见袁崇焕，孙承宗等人也是着重培养他，试图一点点的扭转皇帝对其的看法。这也使得总参谋部和军校内，有着一大批支持袁崇焕的军官。
这些支持袁崇焕的军官，从根本上来说，实是孙承宗自己的嫡系。在孙承宗看来，若是皇帝真心不待见袁崇焕，那么也可以令袁崇焕成为一个过渡者，毕竟皇帝还很年轻，忍上袁崇焕担任一两届总长，就可以让下一代上来了。
虽说孙承宗自己并不贪恋权位，但是对于总参谋部这个组织的未来，却容不得他不做好一切准备。他并不希望在自己走后，总参谋部就脱离了他为这个组织所制定的轨道，从而让他这辈子最后倾尽心血建立的总参谋部变了味道。