朱棣迁都北京后，南京虽然被冷落了，但南京的皇宫还是保存的非常好，周皇后等人进城后，也就在各项设施依然完备的南京皇宫中住了下来。
而南京的官员们则没有任何闲着，谁都知道接下来他们的日子不可能清闲，也不好过了。很多人心里忐忑，但也有很多人充满了期待。乱世出英豪，原本被发配到南京任职的他们，或许将告别失意的日子，重新走向历史的舞台。因此，他们都在忙事，忙着打听情况，并为自己的前程努力。
在将事务初步安定后，曹越、孙传庭、高弘图、史可法、马士英等南京主要官员和权贵，也就新君人选问题及经后的国事安排进行了讨论。
在拥立何人即位的问题上，史可法和高弘图没犹豫就提了定王朱慈炯的名，随后老奸巨滑的孙传庭也额首同意了这个提意，最后表态的曹越，当然没有异议。其实谁都知道，拥立定王朱慈炯是所有人不二的选择，如果谁提出其他人选，也肯定不能说服天下人。
拥立定王朱慈炯为新君这事定下后，朝中官员人选也成了任何人不可回避的问题。不过，这一切都要由皇帝说了算，虽然新即位的皇帝朱慈炯年幼，没办法亲政，但姿态还是要做的。
因为局势紧急，在商定拥立朱慈炯为大明新君后，朱慈炯也就在后面某一个黄道吉日在南京奉天殿即使称帝。朱慈炯即位后，依然以崇祯为年号，并向天下明誓，等流寇平定、建奴被灭，还都北京的时候，再更改年号。
朱慈炯在即位登基的时候，也宣布了对其父崇祯皇帝的追赠。追赠诏令中盛赞了一番崇祯皇帝的丰功伟绩及其最后的坚贞不屈后，赠其谥号绍天绎道刚明恪俭揆文奋武敦仁懋孝烈皇帝。庙号为怀宗，将其下葬于紫金山明孝陵近侧，陵寝名为“思陵”，举国为其举哀，并大赦天下。
随即，战战兢兢还没完全进入状态的朱慈炯主持朝会，讨论朝廷官员的人选问题。在朝会举行之前，周皇后、曹越、孙传庭三人和朱慈炯进行了一番密议，最终朱慈炯听从了三个大人的吩咐。
讨论国政大事及朝廷官员人选的朝会在朱慈炯即位后的当日就进行，首先是讨论内阁首辅的人选问题。
“我觉得孙大人最有资格当大明的首辅。”曹越在众人之前，就把自己的意见陈述了，“孙大人的谋略想必大家都佩服，如果先皇早给机会，让他主持朝务和军务，说不定流寇早就被平定了。这次如果没有在他遭遇暂时的失败后换将，流寇也不可能就此做大。”
“下官也觉得孙大