郑芝龙和郑森放弃与朝廷相抗，到南京来任职，这并没有出乎曹越的意外。他觉得，这是郑芝龙和郑森唯一的选择。如果他们父子俩想保证郑氏家庭的荣耀，那就必须选择妥协，不然一切都会失去，除非他们继续海盗的生活。
郑芝龙和郑森抵达南京的时候，曹越派了随他一起回南京的刘良佐去迎接郑芝龙父子，并暗示刘良佐，和郑芝龙说点什么。刘良佐是个聪明人，他马上明白曹越要他这样做的意思，爽快地领命去迎接，并在与郑芝龙见面后，私下交谈了一番。
刘良佐用很慷慨的语气，向郑芝龙称赞了一番曹越的英明与神勇，再忏悔了一番自己此前的自大，对朝廷的命令阳奉阴违，还祸害百姓的行为，表示他在跟随曹越后，明白了很多事，一定会痛改前非，虚心向曹越学习，誓死追随曹越。
他一再向郑芝龙表示，曹越是大明的救世主，正是曹越率领大明近卫军，以任何人都不愿意相信的方式，将流寇逼退，把建奴赶出关外。天下之人，没有比曹越更伟大者，他就是大明的中流砥柱。
刘良佐最后以非常诚恳的口气，对郑芝龙说，能听从朝廷的令，到南京来任职，所部接受大都督府的改编，成为大明新军，会是其一辈子最明智的选择。他也希望郑芝龙抵京后，能尽快拜会曹越，把自己的心意表明，如此才可以平安，才可以大有作为。
郑芝龙当然知道刘良佐的情况，也清楚刘良佐现在的身份和处境，但他想不到，好歹算英雄人物的刘良佐，竟然对曹越如此忌惮和推崇，言语间处处以自己能得曹越宽恕。很快就会有机会领军出征而自豪，对曹越没有怨恨，只有敬佩。一个原本桀傲不顺的豪杰，现在变成这个样子，背后一定大有文章。他也马上对刘良佐表现出了亲热，想从刘良佐这里打探到更多的情况，包括曹越对自己的处置。
可以毫不夸张地说，这段时间郑芝龙经历了人生中最大的煎熬，他完全清楚朝廷的诏令和曹越的私信所代表的意思。他在与同族的长者还有自己的子嗣讨论了好些天后，才下定决心。采纳了长子郑森的建议，听从朝廷的号令，到南京来任职，将手下的军队交给曹越改编。
曹越能率军数次重创建奴，在极短的时间内，将差点把流寇全部消灭的建奴赶出关外，这是何等的厉害。要知道，流寇可是在消灭了北五省的大明军队后，攻破了北京。逼迫崇祯皇帝自杀。原来的大明官军不是流寇的对手，而流寇又是建奴的手下败将，曹越能以劣势兵力轻松击败建奴，那战斗力远不如建奴的福建水师。