在孙传庭、高弘图、史可法等人的大力支持下，各项改革得以顺利进行。
内阁的权力再次被扩大，皇权被极大削弱，君主立宪制开始出现雏形。小皇帝朱慈炯差不多成了大明帝国的象征，朝事上他只有过问的权力，失去了大部分的决策权。
因为曹越和朱媺娖这些年的言传身教，朱慈炯知道这个趋势不可避免，也没办法抗争，只能接受。
孙传庭以年龄和身体原因请辞致仕，由高弘图接任。跟随曹越几年，高弘图的世界观认识已经有了彻底的改变，他充分认识曹越的胸襟和远见，在万分敬佩曹越的同时，也更加兢兢业业做事。如今的高弘图，已经差不多忘记了自己归附曹越是因为有把柄捏在对方手里，现在的他，是心甘情愿做这一切，为国谋利，为民做事，为了时代进步贡献自己的才智。
高弘图在国破时候，都在把赋税及支出的事打理的井井有条，再加在这几年习性的转变，名望的增高，又是曹越的“粉丝”及改革的铁杆支持者，被扶到内阁首辅之位是名正言顺的事。
马士英、钱谦益因为见识上并不出众，而且他年岁也大了，被免去了实职，只任地位很高，但没实权的虚职。史可法、顾炎武、左懋第被授以次辅之职，他们与高弘图一道，主理大明政事。
六部依然保留，归属于内阁之下，只不过各部之下加了很多司局，这是曹越根据后世时候情况，新设一些必须的部门。
兵部职权调整，完全类似后世时候的国防部，尚书由郑芝龙担任。
户部尚书由顾炎武兼任，年轻的张苍水以户部左侍郎身份主持户部事务。其职权得到扩大，后世时候的财政部、发改委、民政部、农业部、人民银行等部委的职权都归属户部，相应地在户部之下设立了这些司局，担任司局主管的都是曹越亲自挑选、富有远见，有超前改革意识的官员。
礼部集后世时候外交部、文化部、教育部等职权，由瞿式耜任尚书职。
工部的职权集中了后世时候的工信部、科技部、住建部、交通部等功能，也是六部里面机构最复杂的部委，所有官员加起来超过了其他六部，大明皇家科学院也是其下一个重要部委。在曹越心中，这位部委代表了大明科学技术的发展力水平。尚书之职也极其重要，最后这个要职落到了大明最有声望的科学家宋应星的头上。
而那些原本在科学院任职的能人，也相应地担任了一些重要部门的职务，一些西洋人也在工部中任职。曹越希望，在他的倾力支持下，大