确立了权利和义务之后，接下来的就是政府机构改革了。首先改革的就是礼部。过去的礼部太混沌了，胡子眉毛一把抓。权责不明。改革首当其冲就是礼部，首先保留了礼部这个称谓，但是其职能变得非常单一，就管一些礼仪上的事情。祭祀、祭天之类的仪式，都归礼部管。其他的只能部门被分离出来，增加理藩部、教育部这两个部门。第二个改革的部门是刑部。分割成检察部、警察部。一个负责查案，一个负责审核批捕。工部分成了工业部、格物部（科技部）、水利部，本来还打算城里一个地质部，结果一想土地矿山都是私人的，就算是公家的最终也是由私人去开发。就不用多出这么一个部门浪费公帑了。都察院、大理寺被取消，以部门纳入皇帝直属的宣传部，这是朱慈烺为自己争取的一个重要的砝码。有了这个部门在手里，今后办个报纸就得由宣传部门批准不说，你还得交管理费。就这个部门，还是国家出钱养着，皇权不能什么都落不下吧？对于这个事情，陈燮没坚持，他要就给他了。反正今后跟皇帝较劲是的建新政府，陈燮呆不了多久，五年就得闪人。在一个就是大理寺，直接取消了，审案今后是法院的事情，立案、查案是警察的事情，核准、批捕、搜查令是检察院的事情，还留着这么一个机构干啥？同时被取消的部门还有六科，这玩意就是给皇帝掌握权力做助手的，也可以取消了。不过这个部门不是真的取消，而是改头换面，以内阁秘书处的名头粉墨登场，说穿了就是给内阁大佬做秘书吧。以前是给皇帝打下手，换东家而已。
吏部的变化不大，甚至连名字都没变，变化的是内部的职能和结构，一定程度的人员精简是必须的，新的体制下，吏部用不了那么多人了。就是根据各地议会和地方官员的报告，派人去核实一下之后，分配县以上的官员位子。这个权利，打死吏部上下都不会放手的。
兵部的改革最为惨烈，八成以上的文官被踢出了这个体系，兵部的名称都被取消了，直接设总参谋部，海军部、陆军部，三个部门等级平行，实际上掌握权力的是总参。任何师级（少将）以上的调动和任免，都必须由总参批准。调动一兵一卒，必须有参谋签字才能执行。
户部的改革放在了最后，这部门真不好太早动，不然各种事情不能正常的拨款，都得乱套。这个部门改起来事情最多，首先是增加一个财政部，所有军政部门拨款，都从这里出。其次增加一个统计局，用各种数据说话，兼职查账。廉政公署要查账，都得请他们出马配合。最后是分割出来一个税务部和国土部。