是在距今2.5亿年至2.03亿年的三叠纪时期，但那时的地球大气中含氧量极高，怪兽部队无法适应环境，最终殖民任务以失败而告终。随着文明时代的到来，地球污染加重，大气中的二氧化碳含量升高，达到了可支持怪兽生存的环境，第二次殖民任务开启。
2013年8月11日，一个虫洞在马里亚海沟最深处，一个深约11000米名为挑战者深渊的地方开启，并在旧金山引发了一场7.1级的地震，随后第一只被称为“入侵者”的开菊兽登陆旧金山，“入侵者”高达85米，重达2300多吨，全身披着厚厚的肉甲，面对着这种突如其来的巨大怪兽，人类的常规武器不管是机枪还是导弹根本对他没有任何作用，鏖战了六天，跨越了三百五十公里，摧毁了三座城市，最后人类不得不动用核武器，这才将这只“入侵者”杀死，但是其剧毒液在空气中蒸发，使得旧金山方圆百里变成了不毛之地。
不过，这并不是事件的结束，而是开始，第一波的开菊兽在“入侵者”死后陆续的从马尼拉、东京、悉尼、香港等地陆续出现，持续不断的破坏地球的文明以及生存环境。
为了应对这种庞大无匹的怪兽，人类不得暂止内部的纷争，联合起来成立了PPDC（环太平洋军防联合部队）成立了猎人计划，制造了自己的“怪兽”－－机甲猎人，利用巨大的机械士兵来对抗怪兽大军……