这场因为各方天时、人为等因素而造成的水患对整个北京城的损害还是相当巨大的。即便是大水退去之后，城里的情况也没有太大的好转。为此，朝廷官府动用了大量的人力物力重新修缮河堤，为百姓重整家园，直到时间进入到腊月之后，这一切总算稍微好转了些。
不过对朝廷来说，即便暂时安顿了那些受灾百姓——不少人被安排住进了潭柘寺等京城周围的寺庙之中，虽然河道已然重新整顿，河堤也重新立了起来，看似一切都恢复到了原来的模样，但这次的水患的处置事宜却并未就此结束。
待永定河终于重回正轨之后，以工部尚书郭朝宾为首的一批责任官员的处置也就随之而出。毕竟这次的灾祸多半因郭朝宾他们的判断而起，要不是他们错判地形，将河闸定在那边，永定河水也不至于倒灌京城，这罪名即便他们在灾后全力补过，那也是无法弥补的。
于是乎，在腊月初九朝廷就发下明旨，夺去工部尚书郭朝宾的一切出身官职，将其发配边疆以赎前罪。念其多年来为朝廷也立下过不少功劳，其家眷妻儿可以免罪，直接发回老家，也不抄没家产。另外，本来在此事上还有另一个主要责任人工部侍郎翁汝达也要严惩，但因为他在开闸后便落水而死，便不再追究。
至于工部其他一些责任官员，也都受到了不小的惩戒，或罚俸或停职，直把整个工部衙门闹得人心惶惶，人人自危。
当然，有遭殃的自然也有得利的。这其中，杨晨便是整个工部衙门里最终的获利之人。在这次灾难里，他表现出了叫人惊讶的预判能力，更几次向郭朝宾据理力争，奈何上司一意孤行刚愎自用，这才酿成了如此惨剧。但这却并不能掩盖其在水利方面的见识和能力。
另外，在之后的善后以及安抚工作里，被张居正钦点的杨晨也是尽心竭力，尽最大可能地把京城局面安稳下来，得到了百姓的一致好评，也得到了同僚下属的尊敬。于是在这场水患完结之后，杨晨便也得到了来自朝廷方面的重赏。虽然现在阶段，他依然只是工部的小小主事，但据知情人所说，朝廷已有意在新年之后将杨晨破格提拔为员外郎，主理大明的水利之事了。
除了这些明发天下，或已传得到处皆知的消息外，在常人所看不到的暗地里，因为这场水灾也发生了一些不一样的变化。
比如东厂方面，在此事后，就有十多名番子和两名百户、一名千户失去了踪迹。据说他们是被冯公公亲自下令给除掉的，而且用的还是最叫人心寒的闷杀。而且经此一事后，东厂本