六月中旬，刘衍召开内阁会议，正式宣布在大明两京一十三省的范围内，推行军改之策。
此次军改主要分为两方面，第一是裁撤卫所兵，及各镇老弱之兵，将卫所制度的小旗官、总旗官、百户、千户等级别作为军衔保留；第二便是筹建各地的驻防军。
按照刘衍联合国防部、参谋部制定的军改方略，此次军改一共分为三个步骤：
第一步，将现有的驻防军各营与新军各营合并，整编为国防军第一军到第十四军,各军都是多兵种的合成军，包括鸟铳手、炮兵、骑兵、投弹兵，以及辎重兵、医护兵、夜不收等各种辅助兵种。
新组建的国防军各军，依旧是队为基础作战单位，每个步兵队为十二人，全部刺刀、燧发鸟铳，使用定装纸壳弹，装备兵甲督造处出产的最新半身板甲和铁笠盔，铠甲样式参照了锦衣卫直身甲，既美观又具备十足的防护性,其余铁网靴、铁制面具等配件，也一并装备到位。每队设队长一人，为小旗官军衔，盔上插小红旗以示区分。
六个步兵队为一个旗，每旗有旗长一人，为总旗官衔，旗长身背红旗，除装备燧发鸟铳之外，还会装备手铳一把，一个旗兵力为七十三人。
三个旗为一个哨，设百总一人,为百户衔，背旗，哨有号手一人、鼓手一人、卫生兵六人，炊事兼辎重队一个。另有独立于哨长的训导官一人（相
当于后世的政委，负责鼓舞士气，以总旗官衔充任），镇抚兵一人，负责检查军纪，军需兵一人（兼职会计，负责本哨的物资调配）。
每哨合计二百四十二人，其中哨长有骑乘马，辎重队有四轮马车四辆。
四个哨为一个总，每总有千总人，以千户衔充任，训导官、镇抚官、军需官各一人，均以百户衔军官充任。
每总有旗手鼓号队一个、卫生旗一个，炊事兼辎重旗一个，并配备四轮马车十六辆。
每个总有一个炮兵旗，配属佛郎机中型火炮十门、虎尊炮六门，有炮手四十九人，使用兵甲督造处研发的新式炮车，后挂弹药车，每辆炮车用马两匹，可实现随军机动作战。
每个总还有一个直属掷弹兵旗，装备刺刀、燧发枪和每人十颗的震天雷（随身携带两颗，其余战时补充）。另外每总还有一个夜不收旗，负责侦查敌情。
每总中所有百户以上军官有骑乘马，每个总有将士一千三百四十八人。
三个总为一个部，有游击将军一人，以指挥使衔充任，直属下辖旗鼓号角一个旗，