洪水冲出河堤，果然冲向了地势较低的里下河地区，正在这里的倭寇没有防备，大量倭寇都被洪水吞没。
但是被洪水吞没的不仅仅是倭寇，半个淮安泰州地区几乎都成了泽国，百姓的房屋被毁，不少百姓直接在睡梦中被洪水淹死。
正驻扎在扬州的徐海接到消息，麾下的倭寇被官军水淹，他吐了一口吐沫，大骂官军没有人性，然后果断的带领剩余的倭寇向通州撤退。
徐海一撤退，扬州城内的官军就掩杀了出来，但是在撤退到江都的时候，又被倭寇回头狙击了一次，徐海再一次将官军杀的大乱，官军退回扬州城，倭寇收拾残部一边抢劫一边继续撤退。
八月初，徐海返回登陆的通州，将抢来的战利品装上船。
看着四周，徐海带来了三千倭寇，经过连番作战，再加上被淮河水淹的倭寇，带走的只有一千多人。
徐海心又是一横，在通州大肆抢劫之后，又从通州抓了两千多青壮上船，最后堂而皇之的杨帆而去。
临淮侯李庭竹接到消息，立刻向朝廷上表庆贺，宣扬南直隶官兵击溃倭寇，平定了江北的倭乱。
就此，随着倭寇撤走，江北倭乱确实结束了。
可是代价又是什么呢？
代价就是泰州、淮安二府近半数成了泽国，数万百姓南下逃难，但是其他府县根本没有能力接纳这些难民。
难民继续南下，涌入江南地区，又让本来就已经严重缺粮的江南地区粮价再涨。
在江北作战的士兵拿不到事前许诺的赏钱，南京兵部也确实没钱没粮，最后只能纵容这些官兵在江北抢劫。
没有被洪水淹没的盐城、徐州、通州等地区也遭受了兵灾，最惨的还是通州，先是被倭寇抢劫，将青壮当做奴隶抓走，剩下的孤儿寡母又被官兵抢劫，江北各县可以说是家家哭。
八月十四日，中秋节前，杨博亲自出面收束了官军返回南京，他立刻向朝廷写奏章，辞去了南京兵部尚书的职位，推荐胡宗宪全面主持南直隶、浙江的抗倭全局。
杨博上了奏章之后，都没有等到朝廷的回复，直接封存了大印就带着家人离开了南京。
这场倭乱南京六部两个尚书倒台，南京官场剧烈地震。
而此时南京户部内，方望海焦头烂额。
本以为执掌南京户部，可以更好的推行钞关税。
可方望海没想到，自己完全被南京户部的其他事情困住了，根本没空去管什么钞关