甚么都交出去，这案子虽然敏感，但他也知道索长生等人与李秘的关系，因为当初就是因为这个案子的牵扯，加上李秘的失踪，皇帝将李秘所有的官职都剥夺掉，就只剩了个武功伯的爵位。
李秘追捕周瑜，反被周瑜设计，丢入黑牢之后，索长生等人便抗命出宫，丢下一切去寻找李秘。
然而当时朱翊钧的身体状况已经非常糟糕，根本离不开索长生，自是不愿让索长生离开，甚至将安倍玄海和猿飞佐助等人，也都监视起来。
为了让索长生安心留在宫中，朱翊钧甚至让陆家茅把甄宓和秋冬丫头都软禁了起来。
索长生是吃软不吃硬的人，一不做二不休，给陆家茅几个全都下了蛊，还给朱翊钧吃了不该吃的东西。
朱翊钧受到了威胁，终究是做出了让步，甄宓和张黄庭等人可要出去搜寻李秘的消息，但两年之后若再无消息，就不得再提及此事。
索长生知道这是朱翊钧最后的底限，因为朱翊钧完全可以处死他们，如此一来，就再找不到李秘了。
为了顾全大局，索长生只能留下来，然而甄宓等人刚离开，朱翊钧的病情就恶化起来。
郑贵妃联合暗中势力，弹劾沈鲤等人，甚至让人到宫门前叫骂，只说沈鲤勾结內监，与田义王安等人，招揽邪祟入宫，祸乱皇帝人身。
当初被李秘一脚踢出内阁的沈一贯，此时终于有了用武之地，联合党人，要彻查此事，双方也是明争暗斗。
沈鲤等人自是受到了极大的冲击，而最后竟然查出朱翊钧是受了索长生的毒害，才落了这步田地。
索长生给朱翊钧吃了不该吃的东西，这是自己都无法否认的事实，而索长生又是心高气傲的人，沈鲤如何劝说，他也不愿意委曲求全。
最后的结果是，索长生和安倍玄海等人，因为蛊害圣人的罪名，被处以极刑，后来还是沈鲤等人苦苦求情，加上朱常洛等人极力挽救，这才挽回了一条小命，最终被丢在诏狱里头，永不见天日。
朱庚是个墙头草，说出来的事情反倒更加直观，也不带任何个人色彩，李秘也能够比较详细且平白地了解清楚事情的来龙去脉。
这本就是个说不清的案子，索长生确实给朱翊钧用过不该用的药物，但朱翊钧身体变成这等羸弱不堪，却并不一定是索长生下的蛊。
李秘对索长生的性子实在太清楚，虽然培养蛊物，修炼蛊术，会让蛊师变得越来越古怪和阴冷毒辣，但索长生不是那种乘人之危的人。