根据《古今图书集成》记载，奇门遁甲起源于四千六百多年前，轩辕黄帝大战蚩尤之时。当时黄帝和蚩尤在涿鹿展开一场前所未有的大战，蚩尤身高七尺，铁头铜身刀枪不入，而且会呼风唤雨，他在战场上制造迷雾，使得黄帝的部队迷失方向。
有一天晚上，三更半夜大家都在睡觉的时候，忽然，轩辕丘上传来惊天动地的声音以及非常强烈的光芒，惊醒了黄帝及众人。于是大家匆忙起床，跑过去一看，原来是有一支彩虹自天空中缓缓下降，从中走出一位全身大放光明的仙女，手上捧着一个长九寸阔八寸的玉匣。黄帝接过来打开一看，里面有一本天篆文册龙甲神章，黄帝根据书里面的记载制造指南车终于打败了蚩尤。
龙甲神章除了记载兵器的打造方法之外，还记载了很多行军打仗遣兵调将的兵法。于是黄帝要他的宰相风后把龙甲神章演绎成兵法十三章，孤虚法十二章，奇门遁甲一千零八十局。
后来经过周朝姜太公、汉代黄石老人，再传给张良，张良把它精简之后变成现在我们看到的奇门遁甲。
奇门遁甲的分类
奇门遁甲可分为五大类：
1、法奇门：以符咒密法为主
2、术奇门：以特殊技巧为主
3、阵奇门：以八阵图为主
4、卦奇门：可预知朝代的兴旺更替等
5、数奇门：根据时间与空间的推衍，以达到趋吉避凶之功用，也可转败为胜
（四）奇门遁甲的现代功能及运用
因为奇门遁甲是一种时空交替的磁场表现，以前封建时代皇室用以来遣兵调将出奇制胜，现在我们则用以推算出某个时间的吉方，来增加事情成功率，如求财、考试、求职、索债、求医、旅行、博戏、战斗、围捕盗贼等都有很好的效果。
（五）奇门遁甲八门吉凶
所谓八门是指奇门遁甲跟据八卦方位所定的八个不同角度，总分吉门和凶门：
(1)休门：求财、嫁娶、远行、新官上任等诸事皆宜。休门的气比较轻松，故很适合出外旅游或非正式的商业活动。
(2)生门：谋财、求职、做生意、远行、嫁取等诸事皆宜。生门有生生不息的意思，故最适合求财做生意或有病求医。
(3)伤门：伤门意为破坏的磁场，若强出伤门易见血光，故一般吉事皆不宜，但适合钓鱼打猎、博戏、索债或围捕盗贼，利刑事诉讼。
(4)杜门：杜门有隐藏的意思，适合隐身