有明一朝的京察既分北察南察，又分四品以上自陈、五品以下堂审两类。也就是说，对于不同品级的官员，其考察方式亦有差别。故时人称：“大臣与小臣不同，出处进退自有法度”。
而这一法度，即是“四品以上及翰林院学士，例该自陈；其余各衙门堂上五品及所属五品以下等官，合照节年事例，本部会同都察院并该衙门堂上官考察，分别奏请定夺”。
四品以上官员及翰林学士，通过向皇帝上呈自陈疏，静候皇帝的宸断的形式来完成京察程序；而五品以下的官员则由吏部与都察院共同举行堂审，予以考察。
杨巍所主北察、海瑞所主南察，本质上是对于南北二京所管诸布政司(省)的五品以下官员进行“去留考察”，之所以王锡爵会担心海瑞，并不是担心海瑞直接把他本人如何如何了，而是担心牵连。
此前多次说过，明代官场的特色，既有师生关系，又有乡党关系，到了如今甚至还有派别关系。王锡爵作为心学派的台柱之一，许多门生安排在南京所管的衙门那是再正常不过了。
如果王锡爵的门生在京察中大量被黜落，势必会引起朝野关注。而到了这一步，实学派方面十有八九便会趁热打铁，开始猛烈弹劾王锡爵本人，那么事情就一发不可收拾了。
不过对于五品以下官员的考察一贯比较复杂，还有许多流程要走，此时暂不详述。且说最为便捷的“大臣”自陈，尤其是北察自陈引发的此番丁亥京察第一场“战斗”。
所谓自陈，即“两京官员每遇六年一考察，四品以上皆令自陈(不职)。举职业者留之，不职者退之”。
所有官员的自陈，皆“不下部覆，竟禀上裁”，即采用官员直接向皇帝上呈自陈疏的方式来进行。
自陈有一定之顺序，掌察官员于堂审前自陈，按“先本部、都察院正堂，次左、右堂”的顺序进行。而其他官员多在堂审结束之后方行自陈，即所谓“考察后自陈，例先内阁，次各衙门二品堂上官，次三品、次四品”。
但这里必须要说，规定是规定，而实际上自万历期开始，明代部分内阁学士等大臣并不严格遵循“考察后自陈”之规定，而是在考察之前即己呈上自陈疏。
如原历史的万历二十一年二月京察，早在正月二十三日，内阁辅臣王锡爵就呈上了自陈疏。又如天启三年二月京察，内阁辅臣叶向高更是早在正月初八便呈上了自陈疏。
而今年尤其不同，往常大多与二月进行的京察因为西北之乱等事被拖延