温来京，商讨身后之事。
但接连收到四道诏书，桓温却仍旧不肯动身，天真地想以退为进，坐等司马昱临终禅位给自己，那样也不失忠良之名，省得有人说三道四。
然而建康城中可不只有司马昱，王谢家族就一直在旁垂涎权柄，他们固然不会夺取皇位，但东晋的权臣实际上向来都比皇帝更有力量。
7月28日，司马昱自觉大限已到，却仍不见桓温来朝，只得写下遗诏说：“最高指挥官桓温可依照姬旦当摄政王的前例，处理公务，孩子能辅佐就辅佐，不能辅佐，就取而代之。”
王坦之手拿诏书进宫，并在司马昱面前撕毁，司马昱有气无力地问：“天下是意料之外得到的东西，你何必不满意？”
司马昱是王坦之的堂妹夫，王坦之因此才敢这么肆无忌惮，当面反驳说：“天下是宣帝元帝的天下，陛下怎么可以专断独行。”
司马昱歉然说道：“那依你看，应该怎么办？”
王坦之于是当场把遗诏改写成：“家国大事完全秉承最高指挥官的意思行事，依照诸葛亮和王导的先例。”
司马昱已是将死之人，对这些也不那么在乎了，点了点头，很快就永远地闭上了双眼，享年53岁。
文武官员都心情疑惧，不敢立继承人，甚至有人说要等桓温来决定，王彪之说：“天子逝世，太子即位，最高指挥官怎么会有异议？如果先行请示，恐怕反而会受到他的责备。”
大家最终议定，由太子司马昌明即位，大赦天下，司马昌明即孝武帝。
褚蒜子认为司马昌明还小，又在为父服丧期间，不能说话，准备下令桓温依照姬旦出任摄政王的前例，接管政务，诏书已经写好了，王彪之却说：“这是一件非常大事，最高指挥官一定辞让，反而使朝廷的运转功能完全停顿，先帝灵柩的安葬日期也会拖延搁置，不敢接受这项命令，恭敬封还。”
褚蒜子这才意识到风向的变化，于是听从王彪之的安排。
桓温得知司马昌明已经即位，顿时悔恨不已，写信给弟弟桓冲抱怨说：“遗诏只让我当诸葛亮、王导罢了，真是岂有此理。”但仔细一品味，便疑心是王谢在背后捣鬼。
但木已成舟，桓温也无计可施，若要执意掌权，除非发动政变，而那是他死都不会做的事情，所以桓温时代终结。
几天后，新皇帝司马昌明让谢安征召桓温入京辅政，桓温再度拒绝，而且这次是真心拒绝，此时入京已没有半点好处了，徒添烦恼。