慕容垂此次南行，并没有取得预期那么大的成果，甚至都没有什么可以称道的成果，反倒给了北部叛将出动的机会。
谋杀领导的丁零部落酋长鲜于乞，本来据守在曲阳西面的太行山，听到慕容垂南下的消息，于是攻击隔壁的望郡，大肆掠夺居民。
留守中山的慕容麟准备亲自率军讨伐，将领们劝他：“殿下把京师军队调走一空，远征贼寇，万一不能取胜，必会伤害你的威望和地位，不如派别的将领出马。”
慕容麟却是异常坚决，回道：“鲜于乞听说皇上在外，心中无所顾忌，一定没有戒备，我只要一次攻击，就可取胜，不必担心。”
这孩子年轻时可是坑爹专业户，但长期在战场辗转，又受慕容垂的熏陶，倒也修炼成了不错的指挥官，心意已定，立刻领兵前往鲁口，用以迷惑鲜于乞的部署，然后深夜回军，火速赶往丁零大营，天色拂晓时，已抵达营门，刚一接触便展开猛烈攻击，生擒鲜于乞，大胜而回。
鲜于乞消停了还过没多久，吴深就完成了接力，征集一帮同党在清河叛变。
若是旁人也就算了，但吴深本是太监，居然也来凑热闹，慕容垂很是恼火，得到消息后，一时也顾不上什么开疆拓土了，亲自领兵镇压，终于在386年12月18日攻克清河，吴深单人匹马逃亡。
前燕时代的太子宫图书管理官温详，在投奔东晋后，被任命为济北郡长，驻守东阿，温详的弟弟温攀，驻守在黄河南岸，两人眼见后燕出现混乱，便想趁机采取行动。
慕容垂听到风声，立刻下令沿黄河展示军事武力，以震慑东晋。
高阳王慕容隆劝说：“温详那批人不过是白面书生，集结了一帮乌合之众，仗恃黄河险要以自保，如果大军渡过黄河，他们必定望风披靡，根本都不用交战。”
慕容垂认为可以一试，于387年正月21日，派镇北将军兰汗和护军将军平幼，渡黄河南下，慕容隆大军则在黄河北岸戒备掩护，温攀等人果然大吃一惊，直接放弃阵地，退回东阿。
平幼领兵追击，大获全胜，温详连夜带着妻子儿女，逃往彭城，部众三万多人，全都投降后燕，慕容垂让太原王慕容楷担任兖州督导官，镇守东阿。
后燕近来的处境，实在是按下葫芦浮起瓢的状态，各处叛乱接连兴起，慕容垂基本上也做不了别的事了，只能四处修补破墙残壁。
安次变民首领齐涉，集结了八千多户，准备发动叛乱，遭到燕军镇压后，被慕容垂任命为魏郡