之共餐，并在大庭广众之下，戏剧性地与刘牢之义结金兰，尊称刘牢之为大哥，还把所有的精锐部队全都配属给刘牢之，让他担任前锋司令。
刘牢之对于王恭，好比杨佺期对于殷仲堪，同是互相依赖的关系，王恭并没什么军事才能，全都仰仗刘牢之的部署，可对这一亲信又不能真正亲之信之，因此招来祸患，此时受到何澹之的点拨，反而开了窍。
然而毕竟晚了一步，开弓没有回头箭，刘牢之虽觉遗憾，却已无法再事奉王恭，领军到竹里后，立即倒戈，向朝廷投降，并派刘敬宣和女婿高雅之率军折返京口，袭击王恭的大本营。
王恭正在城外炫耀他的兵力，刘敬宣派出骑兵，展开大举突袭，王恭大军瞬间溃散，王恭本要返回城中，高雅之已抢先入城，并紧闭城门，王恭只得单人匹马投奔曲阿。
一路上，王恭恨得浑身发颤，怎么也想不到刘牢之居然敢做出这种事，而因为平时从没有练习过骑马，经过长途奔跑，大腿都磨破了，更是愤恨不已。
抵达曲阿后，王恭在旧部殷确的帮助下，准备乘船投奔上游的桓玄，结果划到长塘湖时，遭人检举捕获，被押解到倪塘斩首示众。
临死时，王恭倒也不失气节，从容不迫地梳头发理胡须，神色与平常一样，苦笑着对监刑官说：“我自己昏庸，轻率地相信别人，以致到了今天这个地步，追究我的本心，岂不忠于国家，只不过希望百世之后，仍有人知道有个王恭罢了。”
首恶铲除，子弟党羽也全都处死，司马道子履行自己先前的承诺，任命刘牢之为兖青冀幽并徐六州及扬州晋陵军区司令长官，接替王恭的官位。
这时西路叛军杨佺期和桓玄已进抵石头城下，殷仲堪则进抵芜湖，司马元显从竹里快马返回京都，派首都建康市长王恺，征发京师的知识分子和民众数万人，据守石头抵御。
杨佺期和桓玄听说王恭的死讯后，并不知道刘牢之与朝廷的秘密交易，上疏为王恭申辩，要求诛杀刘牢之，但刘牢之很快就率北府兵团，在新亭扎营，杨桓二人方才得知刘牢之已和司马道子站到了同一战线，只得先撤退到蔡洲再作打算。
朝廷因为不知西路军的虚实，而殷仲堪的将士数万人，布满了京畿地区，司马道子仍然焦灼不堪。
首都东区卫戍司令官桓修，是桓冲的儿子，也是司马道子的姐夫，机智的他已想到一个绝妙的点子，兴奋地对司马道子说：“我已经洞察了他们的内情，西路叛军可以解决！”
司马道子也为