令，由王琼负责执行的。
对于大明百姓的户籍制度进行改革，是朱厚照早就想要办成的事情，不过他事物繁忙，将此事交给其他人去办他又不放心，这样一来二去，就这般耽搁住了，现在王琼来了，朱厚照常在西苑召见他，与他探讨当今的大明形式，没想到王琼与他的意见竟大为统一，对于如何改革户籍制度，王琼的想法虽然还很幼稚，但是在朱厚照的引导下，倒也是走上了正途。
大明早在朱元璋称吴王的时候，就有了户籍制度，太祖皇帝朱元璋在攻城略地的同时，就将修建道路以及抢救户籍文书作为两大重要工作。朱元璋在编辑户籍中，以“辩贵贱、正名分”为宗旨，按照职业分为：宗室户、官绅户、民户(农户、儒、医、阴阳)、军户(校尉、力士、弓铺手、军匠)、匠户(厨师、裁缝、马船)、灶户(盐户)、商户、儒户、驿户等。除了上述人口外，还有宗室人口、荫蔽人口、少数民族人口等。
其后，洪武三年七月，朱元璋命令天下脱籍的百姓限期自首，并在全国开始人口调查，正式推行户帖制度。户帖内详细列明本户乡贯、丁口、名岁等基本情况。
十一年后，大明又开始编制户籍黄册。上面写有姓名、籍贯、家庭财产状况等。因为送户部的册子是用黄纸做封面，所以称为黄册。真正的历史上，黄册从洪武十四年到崇祯十五年一共造了二十七次。每次大造相隔十年，各地方收藏的黄册多达六万多本。储存地南京后湖，光用于储存黄册的房间就多达千间。
朱厚照甚为明白，黄册制度已经出现了大量的欺瞒丁户、赋役不均的现象。历史上自然也有人知晓这一情况，比如后世的张居正，万历九年大明施行一条鞭法，将以人丁作为征税依据改为以田亩为征税依据。一条鞭法尽管增加了田赋，却使得人丁问题不再成为朝廷关注对象，农民获得了较多的人身自由，造成人口统计越来越难。统治者不得不另谋对策，转而实行严厉的保甲制。
即使如此，逃户现象仍然屡禁不止。逃户其实就是流民，流民问题是明代极为严重的社会问题。造成逃户的原因，除了税赋过重、自然灾害之外，朱元璋制定的严格的户籍制度也是原因之一。朱元璋在位期间对这种现象就已经注意到了，但一直找不到好的办法。
但是到了永乐以后问题越来越严重，保甲制在明朝被重新使用是在成化年间。成化六年荆襄流民因为生活得不到保障，发生了大规模的暴动。镇压下去之后，如何安置这些流民，朝廷的意见分为两种：一是就地安置附籍，二