《笑颜》的音乐持续着，小牧南用她的声音将她的哀伤传染给了每个人，故事在音乐中继续，两人赢得了战斗，但有一部分野生小精灵已经被组织不知运到什么地方去了，森林里多出了许多无人照顾的宠物蛋。
老爷爷留了下来和老奶奶一起承担了护林员的工作，两人将这些蛋收集了起来，加以照顾孵化，然后培育他们自立，最后放归森林，随着时间地推移身体渐渐老去，等到再也做不动护林员的时候，两人带着他们的尼多王和尼多后，来到了离森林最近的小镇，开了这家饲育屋。
听完两位老人的故事，窗外本质不算太坏的火箭队三人组，泪流成河，异常地感动，没有惊动任何人，将蛋还了回去，说了几句台词悄悄离开了。
小智因为老人的故事，也是感触颇深，他的第一个伙伴皮卡丘同样是需要电之石才能进化的小精灵，但是皮卡丘却不喜欢进化，他对是不是让皮卡丘进化异常地苦恼。
“皮卡皮卡。”皮卡丘跑过来安慰小智。
小智终于明白了过来，就算是不进化又怎么样，只会靠着强大的宠物小精灵取得胜利，绝对不是一个合格的宠物小精灵训练师，他和皮卡丘一路走来，无论是对方是强是弱，是进化还是没有进化，他和皮卡丘又何曾放弃过，就算是属性被克制，也不是没有取胜的可能，又何必要进化。
饲育屋老爷爷，见小智想通了关键所在，也是非常高兴，凭着他培育小精灵数十年的经验告诉小智，皮卡丘的速度成长是非常迅速的，远远超过雷丘，在培养皮卡丘方面，让他可以考虑这个方向。
老人除了用掉的月之石，还有三颗进化石，分别对应火、叶、水三个属性的新人小精灵，分别送给了小智、小刚、小霞三人作为礼物。
第二天三人告别了饲育屋的两个老人，再次踏上了旅程，整个特别篇在一个山坡上，两个老人以及尼多王和尼多后，相互依偎在一起，目送小智一行远去而结束。
千叶真实的特别篇放到这里已经进入尾声，片尾的字幕开始播放，不过到这里却是给出了游戏里的三个隐藏要素，首先是一些精灵是无法自然进化的，就如特别篇里的三个小精灵一样，它们需要进化石才可以进化。
第二，进化后的小精灵未必比进化前更强，就看玩家怎么去培育，在这一点上，千叶真实在三铃花制作的《宠物小精灵》游戏上做了一些改动，因为前世的游戏中，进化后的小精灵是要比进化之前强大，无论是哪个方面。
以皮卡丘为例，前