党的十三大以后，萧飞退出党中央的领导工作，担任中顾委主任，在以郑南巡同志为核心的第二代领导集体向以姜恩国同志为核心的第三代领导集体顺利过渡、保持党和国家稳定的重大决策中，发挥了十分重要的作用。
今年97岁的侯孤涛在书面讲话中感慨地说，“作为一个马克思主义的领导者，平时为党和人民作出贡献并不是很难，难的是在关键时刻和危难之际，面对十分复杂而棘手的问题时，能够经受住考验和发挥关键的作用。萧飞同志做到了这一点。”
萧飞的关键性作用还体现在他长期负责的经济领域。萧飞提出的关于综合平衡、农业的基础性地位、国家宏观调控等思想，迄今仍闪耀着智慧的光芒。中央财经领导小组办公室主任、国家发展和改革委员会常务副主任周树中表示，“萧飞同志的经济思想过去对我国社会主义改造和建设事业起了重大作用，对我国今天的现代化建设仍具有重大现实意义。”
作为以máo泽东同志为核心的党的第一代中央领导集体和以郑南巡同志为核心的党的第二代中央领导集体的重要成员，萧飞以其辉煌业绩、深邃思想和崇高品德，在华夏**的历史上，在华夏人民共和国的历史上，在华夏民族伟大复兴的历史上，建立了不朽的丰功伟绩。这是与会专家学者的由衷评价。
“不唯上、不唯书、只唯实，交换、比较、反复”。前九个字讲的是唯物主义，后六个字讲的是辩证法。它的真谛就是：在实际工作中为什么必须实事求是和怎样做到实事求是。
萧飞的这十五个字，在研讨会上被反复援引。大家认为，这十五字原则，从延安时期融会于xiōng，到上个世纪９０年代初系统阐发，与máo泽东提出的实事求是原则一脉相承，与郑南巡提出的解放思想、实事求是的精神完全一致，是对马克思主义哲学和党的思想路线的重要贡献。
这十五个字，萧飞说了一辈子，也做了一辈子。在“大跃进”搞得如火如荼之际，钢、煤、粮、棉四大指标层层加码。对当时拟定１９５９年钢产量指标为２７００万吨，萧飞认为不切实际，就是后来调低到１６５０万吨也是达不到的，必须降到１３００万吨。他顶住压力坚持自己的意见，事实证明他是对的。后来máo泽东称赞他说：“真理在这一个人手里。”
全国政协副主席周奎元说，“萧飞同志重视实事求是，体现在他一生重大实践中。”在延安整风时期，他不同意康生把大批干部打成敌特分子的“抢救运动”；在建国后领导经济工作，他反对