进京就住在这寺庙里。
吴应熊主军政后，取消了五军都督府，右边全部变成了禁卫新军的地盘。
禁军是明太祖朱元璋时建立，正式设置护卫亲军十二卫：锦衣卫、旗手卫、金吾前卫、金吾后卫、羽林左卫、羽林右卫、府军卫、府军左卫、府军右卫、府军前卫、府军后卫、虎贲左卫。亲军十二卫是负责护驾左右、护卫宫禁的皇帝侍卫禁军，这些军士都是通过精选以后经严格训练而入选。亲军十二卫都有严格的建制，待遇也在众军之上。比如闻名遐迩的锦衣卫共一千五百人，设大汉将军、将军、力士众官；卫士称校尉；军中设千户、百户、总旗官。
吴应熊在禁卫军的这些设置上，基本上沿用了朱元璋的建制，因为一来毕竟是大明的禁军，尊重祖制显得名正言顺，二来这个时代的禁卫军，需要他们能理解和接受的建制。吴应熊可不像有些脑洞大开的网文作者，动不动把现代的军制那来用，一点也不考虑明代人能否接受，简直是驴头不对马嘴。
不过既然是新禁军，吴应熊在他们的训练上，参照近代新军进行了许多创新。吴应熊特意嘱咐过负责训练的二弟何承志，让他严格遵守禁卫军的规章来做。比如训练的内容有站军姿、齐步走，各项口令的转体动作，以及跑步、负重越野、俯卧起撑、仰卧起坐、自由搏杀等单兵项目。
何承志在关外跟着大明猛将祖大寿十余年，确实有两把刷子，他一边练兵，一边辟地三百余亩，修筑方形大土城，还在土城墙上筑通道和护墙，筑两座炮台，台内地下凿空作为贮存弹药的地下室。然后在墙外面挖壕堑引水形成护城河，城西和城北临江河开一营门，设吊桥，城内建旧瓦房供士兵居住。平时操练的大操场和打靶场，还陆续建起讲堂、厨房、澡堂、火绳枪暂存室及修械室等，吴应熊调集来的民工日夜施工，不到一个月，一座新式军营就拔地而起。
按照吴应熊的指导，何承志将六万禁卫军编为步兵、马兵、炮兵、工兵、辎重兵，在课程设置上，也进行了创新，设基本战术、应用战术、图上战术、沟垒学、弹道学、等，还教识字、算术、几何等。
这些都不是天方夜谭，明末的西学东渐，平等交流，很多欧洲的学术思想和科学知识传入，特别是来华的传教士，比如前面提到法国传教士金尼阁，1620年就携入7000部书来京城，这些书中包括哲学类、神学类、医学、法学、数学等，对于大明的学术、思想、政治和社会都产生重大影响。
在武器装备上，吴应熊也为这六万禁军