“朋党之起，就是大明亡国之始，内斗内行，外斗外行，正所谓文人误国，大家来议一议吧。”吴应熊谈起“东林党祸”，像在一潭寂静的死水里丢进了一颗深水炸弹，武英殿里顿时炸开了锅。
马士英、阮大铖等人听了吴应熊的话，他们深表赞同，觉得东林党人就是表面上正人君子，实际上是误国误民，他们一个个挺直了腰杆。而刘宗周等在场的文官很多人脸色都变了，其中有一个人反应颇为强烈，他就是南京礼部侍郎钱谦益。
当时还是封建社会，“东林党”之“党”，是朋党而不是近代政党，“结党乱政”是重罪。钱谦益等东林党人原本见吴应熊在京师整治阉党，革除太监干政的土壤，对吴应熊很有好感，没想到吴应熊对东林党也没太多好感。
东林党源于顾宪成，他在万历二十二年被削去官籍返回故乡无锡，和弟弟顾允成修复了无锡城东的东林书院。这所书院原本是宋代大儒杨时创立，杨时是宋代大儒程灏、程颐两兄弟的门徒，是“二程学说”的正宗嫡传。后来宋代大儒朱熹则是杨时的弟子。顾宪成重修东林书院时，宣布他继承杨时衣钵。当时，不少怀抱道义而不被当政者所接纳的士大夫退归林野，东林书院的重建使他们找到了知音，因此都争相前来，使得“学舍至不能容”。
讲学之余，东林党人聚在一起，用委婉的语言议论朝政，褒贬品评执政的大臣。用“君子”和“小人”去区别政治上的正邪两派，东林党人号称“清流”影响天下舆论，此时，钱谦益是东林党的领袖之一。
东林党人最大的特点，就是不讳言“党”及“朋党”，常以“吾党”自称。在他们的语汇中，“党”，已不是“同乡”、“乡党”之意，而是“同道”、“志同道合”之意。本来传统儒家以为“君子不党”，但东林党人高攀龙、钱一本等人认为，小人可以有党，君子也可以有党。
刘宗周的认识则更进一步，他否认小人有党，而君子以同道为朋，以自绝于小人为党，将党视为正人君子的代名词，给“党”、“朋党”这一概念做了新的诠释，改变了贬义的内涵，结果使得明末党争更加厉害，朝廷一事无成。
但吴应熊觉得，东林党人，只会满口道德文章，“文人误国”。长期的上层生活，使得东林党人严重的与支持整个农民阶层脱节，不知道民间的疾苦。讲起大道理有一套，真正有用的实际行动没有。吴应熊主政江南的第二把火，便烧向了他们。因为吴应熊认为，明末的党争，也是大明亡国的重要原因。
在明朝