曾遭遇一败，简直是常胜军，可惜明代军事重陆战轻水战，因此大明水师的光辉事迹鲜为人知。
大明水师在初期和中期是亚洲乃至世界上最强大的舰队，郑和下西洋的辉煌人所共知，斯里兰卡之战活捉其国王，大扬华夏国威，打葡萄牙，打日本，都打得他们大败而逃。可惜到了崇祯一朝，财力空虚，军饷都拨付给了辽东，只得实行海禁，撤裁水师，连海盗都打不过，直到郑芝龙投降，整顿福建东南沿海的水师，大明朝水师才算重新焕发了战力。
郑芝龙率领的大明水师有多牛呢？他拥有超过三千艘大、小船的舰队，三万海军战斗力也很强，以1633年7月的对荷兰战役可以看出：当时，荷兰台湾总督普特曼斯率领十三艘荷兰战舰，以突然袭击的方式对明朝沿海发起了进攻。荷兰人提出中国方面立即停止同西班牙、葡萄牙等国的贸易，只能与荷兰人单独贸易，否则将继续开战，此无理要求遭到明朝拒绝，参战的荷兰舰队9艘以及荷兰招揽的50多艘海盗舰队全军覆没。料罗湾海战是荷兰人在远东空前的惨败，郑芝龙的水师最终夺取了从日本到南海的全部东亚制海权，当时凡航行在东亚地区的船只，都必须花钱购买郑芝龙的令旗，否则将被抢劫。从此荷兰人每年向明朝船队缴纳12万法郎的进贡，才可以保证在远东水域的安全，这对当时欧洲的海上霸主来说，无疑是一种羞辱。
吴应熊想重用郑成功，除了是欣赏郑成功忠于大明，也有借此拉拢郑芝龙的打算，1644年明帝朱慈烺封郑芝龙为南安伯，福建总镇，负责福建全省的军务。
不过，吴应熊见了郑成功，大跌眼镜，跟自己想的那种高大威猛的民族英雄形象不一样，郑成功一副儒生打扮、眉清目秀、面白无须，颇有几分男生女相，不像郑大将军倒像郑小官人，不过，郑成功跟他的爹郑芝龙确实很像，长得俊俏，称得上花样美男。
“后生郑森，叩见丞相大人。”郑成功见了吴应熊，按照儒家的礼节行了大礼，他对吴应熊收复京城十分钦佩，此时吴应熊就是他心目中的偶像。
“小侯爷起来吧，免礼。”看历史上的民族英雄此刻给自己行大礼，吴应熊的心情很复杂，一时没反应过来，愣了一下，然后给郑成功赐座。
和群臣讨论怎么用郑成功时，吴应熊问南京吏部左侍郎吕大器：“本丞相欲在南京新建水师，任命郑成功为南京水师提督，何如？”
吕大器这人比较正直敢言，说：“郑氏非进士出身，被授予水师提督，大明朝没有先例。”