越之地。南征秦军一路势如破竹。越人纷纷逃入深山密林，逃避秦人的统治。
秦征百越之前，由於百越地区的部落们已经矛盾重重，甚至多数相互攻击，很难拧成一股绳抵御秦军的攻势，但问题是百越地区部族众多，尽管各自为战，但越人逃入深山丛林的举措，令秦军难以彻底消灭其有生力量，加上秦军水土不服。当地瘴疠横行，致使军中大疫，非战斗减员情况日益严重，战事陷入长期化。正如《淮南子》记载的「三年不解甲弛弩」。
在战事中期，秦军击杀了当地最大部落的首领，西瓯国首领译吁宋，但越人并未屈服，反而推举桀骏为新的首领，这个新推举的首领在一次夜袭中大破秦人。并击杀征越秦军最高统帅屠睢。
秦灭六国，百战百胜，但在百越地区的征战居然令秦军「伏尸流血数十万」（《淮南子人间训》语），甚至连主帅也被击毙。
秦始皇大怒，为了迅速结束战争，惟有下令对百越增兵，而楚国之亡又让秦军兵力得到释放，给了秦始皇增兵的底气，乃「发卒五十万」，分为五军：一军塞镡城（今湖南靖县境）之岭，一军守九嶷（今湖南宁远南）之塞，一军处番禺（今广东广州）之都，一军守南野（今江西南康境），一军结余干（今江西余干境）之水。五路并进，企图一举攻下百越全境。
不过兵力的增加，再加上越人反抗，利用熟悉地形的优势，不断袭扰秦军勉强维持的补给线，令秦军几乎陷於崩溃，因此秦始皇下令使监禄（即史禄）负责转运粮饷。
为了支持长期战争的物资消耗，史禄决定派遣士兵，开凿连接湘江与漓江之间的运河，后世称为灵渠，使中原和五岭以北地区之兵员和粮草，能通过水运进入百越地区。
由於开凿灵渠属於庞大工程，按当时技术条件，至少也得三至五年时间才能完成，故此战事陷入僵持。
「灵渠」的建成只是为战争提供较好的后勤保障，并不能保证最后的胜利。秦征南越统帅尉屠睢战死后，继任统帅尉任嚣，起初亦无良策对付越人之丛林战，最后才想出了军队屯垦和「以谪徙民，与越杂处」之持久战和移民同化的策略。
屯垦和移民战术是控制百越地区最有效的方法，但见效慢，至少须五六年时间才能初见成效。由於当时秦始皇已消灭六国，故有充分条件迁移关东六国的「新黔首」（即所谓「中县之民」）往百越地区「移民戍边」。
对於这些「新黔首」，秦始皇及秦国官吏根本不把他们当人看，把他们留在百越地区，与