收复南阳府城后，赵当世派人寻到督门总统猛如虎、南阳知府颜曰愉、南阳知县姚运熙等文武官员的尸首，主持祭奠。十一月初，闯军分兵四散，开始攻掠鄢陵、通许、太康、西平、偃师等县。军事危险暂缓，赵当世留下起浑营与镇筸营继续把守府城，自领其余兵马南返襄阳府。
督门旧将及勇卫营周遇吉等既然依附，赵营内部相应的编制很快确定。
除了周晋的镇筸营保持不变外，新立二营。其一长宁营，类似飞捷左、右营，皆为马军，由周遇吉、刘光祚原部混成，人数千余，统制坐营官周遇吉，中军官刘光祚；其二一冲营，由闵一麒、朗启贵残兵补充屯田军差拨的兵力合为二千编制，统制坐营官闵一麒，中军官朗启贵。
这样一来，如今隶属赵营的就有无俦营、效节营、起浑营、飞捷左营、飞捷右营、昌洪前营、昌洪左营、昌洪右营、国安营、五牙营、长宁营、镇筸营、一冲营乃至练兵营、屯田左营、屯田右营、屯田后营总共十七个正编营头。
营头繁杂，相互之间主事军官平级、有时影响统辖权分配的问题也很突出。所以赵当世在与顾君恩、昌则玉等人讨论后认为，有必要在军职、兵马都统院本职的基础上再加一类“差遣”，事毕即卸，只用以明确各军队在临时出战情况下的统属关系，一样由兵马都统院任命。
按照目前实际情况，先定下了“军总管”及其副职“军副总管”，可担任副职中人选若资历相当，则分为“军左副总管”与“军右副总管”。比如徐珲就因此成为“郧阳等地方面军总管”，而覃进孝、李延朗便分别为“郧阳等地方面军左副总管”与“郧阳等地方面军右副总管”。与此同理，侯大贵为“随州等地方面军总管”，而才被任命镇守南阳府的郭如克也新晋“南阳等地方面军总管”。
除了赵当世自己兼领一军外，侯、徐、郭是赵营最受倚重的三员大将，也是当下仅有的三名拥有自主调兵遣将权力的军总管。
回到襄阳府后，赵当世给南阳府境内其余未遭闯军荼毒的州县官员都写了信，向他们陈述派兵坐镇保境的既成事实，以免自己军队入驻府城的举动引起这些官员的恐慌。这是必要之举，也是礼仪，更是赵当世企图将自己窃据南阳府的行为合法化的第一步。
时下闯军气焰滔天，府内各州县都日夜难宁，当初颜曰愉主动请求猛如虎率军协防的行为其实就是这些官员普遍的心态写照，他们自然不会对赵营兵马在南阳府部署有任何不满，距离南阳府城较近的镇平知县钟其硕、内