河南的战况一如郝鸣鸾预料，逐渐朝着不利于闯军的方向发展。
孙传庭出潼关后与闯军大小凡十余战皆胜，八月初至九月初的短短一个月，就接连收复闯军经营多时的陕州、洛阳等坚城，所向披靡。局势稳固，孙传庭一扫头前的颓丧之气，精神百倍。他在九月八日率军直抵汝州州城东面的长阜镇，着手谋划对闯军的决战，并上书崇祯帝，称闯军上下“闻臣名皆惊溃，臣誓肃清楚豫”，信心满怀。
收到久违的捷报，崇祯帝大喜过望，但兵部左侍郎张凤翔认为闯军“示弱不可信，且传庭所统，皆良将劲兵，不如为陛下留此家当”，主张让孙传庭见好就收，不要急于冒进决战，应该修复洛阳旧城为基本，“进战退守，经略中原”，徐图胜利。但这些话逆了崇祯帝的耳风，压根不被重视，周延儒等大臣窥知崇祯帝的心意，曲意逢迎，“争请命传庭进剿”，期盼一战而定中原的方针遂成定计。崇祯帝传下手谕，要求孙传庭务必在年底前阔清楚豫，然后北上投入辽东战事。
孙传庭得到鼓励，深感圣意隆重，更是激动。其时李养纯已公然叛离闯军，孙传庭听从他的建议，决心先拔除闯军在襄郏大本营外围设立的各个据点，然后发动总攻。有李养纯带路，孙传庭亲率大军首先进驻郏县与宝丰县之间，切断了两地的联系，接着分兵一部冲破鲁阳关奔袭南召县，自己则开始攻打宝丰县。
宝丰县城高壕深，有李自成委任的地方部队坚守，李自成后续又派一哨五十名马军驰援加强防御。孙传庭先招降，闯军州同知姜鲤发炮回敬，陕兵随后攻城。猛攻两日，李自成坐不住了，自大本营分兵救援，与陕兵在宝丰县东面激战，不敌败退。次日，李自成亲领数千精锐马军大举救援，又被白广恩、牛成虎等部击败。孙传庭取得连胜，忧虑李自成全力反扑，传令诸军死命强攻，当夜攻陷宝丰县，与此同时奔袭南召县的陕兵兵马也得手了。这两县都是闯军安置家眷之地，孙传庭毫不留情，下令在两县“肆行杀戮”用于震慑闯军，几乎将两县灭为鬼城。消息传到闯军则是满营痛哭，誓杀明军。
孙传庭再接再厉，旋即再攻郏县，一日即克。此时阴雨连绵，后继军粮不济，白广恩建议暂且回师洛阳就粮，但被孙传庭一口拒绝。孙传庭认为士气正堪用，正该一鼓作气，下令抄掠郏县，剥地三尺攫粮犒军。县内贫困，明军搜得驴羊二百余头，顷刻间抢吃个干干净净，又无论贫富强征民粮，不从皆以从贼论处，全军这才堪堪得饱。
丢了宝丰县、郏县，闯军羽翼顿被翦除