天启五年六月，也就是在朱燮元的捷报和奏章抵京之后的两天，魏忠贤绕过内阁首辅叶向高和星等东林党大臣，以司礼监和内阁的共同名义，奏请皇帝的同意，直接给朱燮元下旨，令其尽快在贵州布政使司的土司旧地实行改土归流，稳定地方。
魏忠贤的这一番操作，不仅惊呆了同是阉nn员，更让东林党的一众官员目瞪口呆。
按照多年来形成的惯例，皇帝的旨意只有在经过内阁的票拟和司礼监的批红后，才具有合法性，才会被官僚集团接受。若是皇帝的旨意绕过内阁，直接交付给某一部门执行，被称为中旨。
大臣们对中旨是很抗拒的，一旦皇帝有中旨，大臣们都会消极对抗，若是有人去迎合皇帝的中旨，就会被官僚们孤立。
大明两百年下来，皇帝和大臣们都对这一规则心照不宣，维系着双方的平衡。
但现在，魏忠贤打破了这一惯例，手抓票拟和批红的权力，在皇帝的授意下，让中旨有了合法性。更关键的是，魏忠贤不是孤身一人，他还有整个阉党做支撑，瓦解了东林党的孤立之策。
并且，贵州的改土归流，势必会空缺出大量的官位，导致东林党和其他各党连消极对抗都不敢干，那是在坐视阉党的壮大。
这些还都只是表面上的，像星这样的官员，已经看到了魏忠贤背后的天启皇帝。说到底魏忠贤不过是个太监，他的权力完全来自于皇帝。
贵州布政使司的改土归流，加剧了阉党和东林党的斗争，也让双方的斗争愈加血腥。
且不提朝政因西南之事的变动，远在贵阳府的朱燮元接到朝廷旨意后，立即昭告全省，在原土司之地实施改土归流，被解放的奴隶“编户齐民、按户均田”。
原本各地就在进行着改土归流的事，现在的到朝廷的确认后，改土归流的速度更快了，同时因为战争和改土归流空缺出来的官位也被整理出来，一并交到朱燮元手里。
朱燮元没有人事任命权，空缺出来的官位被他提交给朝廷，在官位明细下还有一份他要举荐的人。
以朱燮元的身份和功劳，阉党和东林党都不会忽视朱燮元举荐的人。
朱燮元举荐的名单里，包含两个部分，一部分是跟随他平叛的文官，另外一部分则是安置反抗军的武官。
在改土归流中，反抗军中绝大多数人都选择的是回家分田，少部分人选择继续从事行伍。对于这部分反抗军，朱燮元把他们分为三部分，一部分安置到赤水卫，靠近重庆府，也就