祀赤帝者以其冶水之委，祀黑帝者以其司水之源也。吾粤固水国也，民生于卤潮，长于淡汐，所不与奄髦蛟屋同变化，人知为赤帝之功，不知为黑帝之德。家尸而户祝之，礼虽不合，亦粤人之所以报本者也。”（卷六“真武”条）可见玄武之为水神之典故。
生殖之神
中国古代素将伟大的神力和阴阳交感演化万物的现象相类比，崇拜生殖的神力。蛇本身就是生殖和繁衍的象征，玄武以龟蛇合体的形状出现，更被古人看作雌雄交配、生殖繁衍的标志。东汉魏伯9阳（约公元121年前后生）《周易参同契》也用龟蛇纠缪的例子说明阴阳必须配合：“关关睢鸠，在河之洲。窈窕淑女，君子好逑。雄不独处，雌不孤居。玄武龟蛇，纠盘相扶。以明牝牡，毕竟相胥”。
司命之神
龟在古代是长寿和不死的象征，并能导引行气，《史记·龟策列传》载云：“南方老人用龟支床足，行二十余岁，老人死，移床，龟尚不死。龟能行气导引”。《抱朴子》载：城阳郄俭少时行猎，坠空冢中，饥饿，见冢中先有大龟，数数回转，所向无常，张口吞气，或俛或仰。俭亦素闻龟能导引，乃试随龟所为，遂不复饥”。再者，北宫玄武七宿之第一宿斗宿，又称南斗。《星经》云：“南斗六星，主天子寿命，亦宰相爵禄之位”。晋干宝（316年前后生存）《搜神记》引管辂的话说：“南斗注生，北斗注死”。拜南斗可以增寿。这对于追求长生不死帝王官僚及普通人都有很大的吸引力。
四灵之一
中国古代把天空里的恒星划分成为“三垣”和“四象”七大星区。所谓的“垣”就是“城墙”的意思。“三垣”是“紫微垣”，象征皇宫；“太微垣”象征行政机构；“天市垣”象征繁华街市。这三垣环绕着北极星呈三角状排列。在“三垣”外围分布着“四象”：“东苍龙、西白虎、南朱雀、北玄武”。也就是说，东方的星象如一条龙，西方的星象如一只虎，南方的星象如一只大鸟，北方的星象如龟和蛇。由于地球围绕太阳公转，天空的星相也随着季节转换。每到冬春之交的傍晚，苍龙显现；春夏之交，玄武升起；夏秋之交，白虎露头；秋冬之交，朱雀上升。”
《玄天上帝启圣录》卷一记载这样一个故事：
玄帝念道专一，遂感玉清圣祖紫元君传授无极上道。元君告玄帝曰：子可越海东游，历于翼轸之下，有山自乾兑起迹，盘旋五万里。水出震宫。自有太极，便生是山。上应显定，极风太安、皇崖二天，有七十二峰，三十六岩