秦牧之、关羽、张飞带人投奔了朱儁，颇受重用，三人各领了一军。
张宝、张梁带人败走，被少年曹操带人一路追赶，张宝逃入了阳城，率兵坚守不出。
朱儁引兵围住阳城攻打，一面差人打探左中郎将皇甫嵩的消息。
皇甫嵩出身将门世家，少有文武志，好《诗》《书》，习弓马，颇有才干。
皇甫嵩的父亲皇甫节是当时的雁门太守，他的叔叔为度辽将军皇甫规，扬名塞外。皇甫嵩早年拒绝了当时所有实权派征召，欣然应允了朝廷公车的征召，担任北地太守。
当时朝廷集结正规军——精勇四万余人，朱儁和皇甫嵩各领一部，出征黄巾，两人的关系不错。
少年曹操就投奔在皇甫嵩的麾下，他们大获胜捷，七战七胜。
探子回报朱儁，说：“朝廷以董卓屡败，命嵩代之。朝廷还加皇甫嵩为车骑将军，领冀州牧。”
秦牧之听到消息，十分高兴，对朱儁道：“我在路上，碰到恩师卢植，他被人陷害。还希望朱将军和皇甫将军伸以援手。”
朱儁点点头，立即修书一封给皇甫嵩。
秦牧之和关羽、张飞亲自带人送到皇甫嵩处。
皇甫嵩也了解卢植的为人，表奏卢植有功无罪，朝廷复卢植原官。
秦牧之很高兴，帮助朱儁催促军马，悉力攻打阳城。
大军攻城越来越急，张宝大败，趁黑夜逃走。
在秦牧之等人的帮助下，朱儁遂平数郡，上表献捷。
张角三兄弟第一次轰轰烈烈的反抗失败了，他们隐瞒了身份，带了一些余党逐渐转入地下。
过了数月，黄巾余党三人：赵弘、韩忠、孙仲不甘寂寞，聚众数万，望风烧劫。
朝廷再次命朱儁即以得胜之师讨之。朱儁奉诏，带着秦牧之等人率军前去平叛。
当时贼据宛城，赵弘遣韩忠出战。
朱儁遣他们三兄弟攻城西南角，自纵铁骑二千，径取东北角；贼恐失城，急弃西南而回。秦牧之从背后掩杀：贼众大败，奔入宛城。朱儁分兵四面围定。
过了十日，城中断粮，饿死了不少人。
韩忠使人出城投降，秦牧之大喜，但朱儁不许。
秦牧之问道：“当年高祖得天下，盖为能招降纳顺。公何拒韩忠耶？”
朱儁回答说：“彼一时，此一时也。昔秦、项之际，天下大乱，民无定主，故招降赏附，以劝来耳。今海内一统，惟黄