在武器装备上，秦牧之请李凤苞在德国购置过山炮、半陆路炮，步兵骑兵则买来复枪、毛瑟枪等，连美国工程师马克沁在1883年设计的马克沁重机枪，也不惜托容闳找关系花血本买了一挺。(看啦又看)秦牧之还给军官们买了时表、双筒望远镜、雨衣雨帽、洋鼓洋号。全部采用新式练兵方法。
秦牧之还对其中一些操练的细节，根据他在现代军校学的东西，进行了修正，比如“开快步走”改成“起步跑”，“向前望”改成“向前看”，装枪前不喊预备，直接喊“装枪”，一切以简单实用为原则。
秦牧之对第一批学员倾注了巨大的心血，对段祺瑞、冯国璋、王士珍都格外照顾，比如段祺瑞的弟弟妹妹在合肥老家，秦牧之派人把他们接到天津，还赠送了一套住宅给他们。冯国璋家里缺钱，秦牧之一出手就是一百两纹银，雪中送炭。王士珍和寡母住在一起，他的母亲年事已高，有眼疾，秦牧之派人去给她找最好的郎中，还让马格里介绍西医给她治好了白内障，段祺瑞、冯国璋、王士珍对秦牧之誓言效忠。
对其他学院，秦牧之也用心良苦，每一次发学饷，他都亲自去送到每一个学员的手里，对他们嘘寒问暖，看看他们家里有什么困难，能帮助解决的尽量解决，日子久了，秦牧之几乎都能叫得上每一个人学员的名字，这些学员一看这将军跟以前压榨他们油水的长官有天壤之别，对秦牧之也死心塌地。
秦牧之以徐世昌、冯国璋、段祺瑞、王士珍为骨干，给军官学员始终灌输一种集体思想，培养他们的荣誉感：“我们都是北洋一期的生死兄弟，生是北洋的人，死是北洋的鬼”。
第一批学员大都出身卑微，训练刻苦，不久，就小有所成，出操用炮，也有模有样了。秦牧之觉得时机成熟了，就请李鸿章来陆军军官学堂视察。李鸿章到了校门处，看到“升官发财请往他处，贪生怕死莫入此门”的对联，不禁拍了拍秦牧之的肩膀，大赞“后生可畏”，再看学员们的会操，想起了自己当年练淮军的情景，不禁夸赞秦牧之“将来必青出于蓝而胜于蓝”。
秦牧之知道李鸿章从安徽合肥农村走出来，现在成了大清帝国的头号汉臣，他本人就是一个传奇，是军官学员们人人欲效仿的偶像，所以趁机请李鸿章作重要讲话，李鸿章犹豫了一会，觉得自己确实有很多话想要讲，便答应了。
当时，练兵场的天空飘起了小雨，一千多个学员站得笔挺，在雨中听完了李鸿章慷慨激昂的演讲，这一场“师夷长技以制夷”的演讲至今仍然振聋发聩