对付荷兰人和西班牙人之所以顺利，是因为当时西班牙总督是个糊涂虫。当大明的兵船，大炮一轰，在睡梦中的西班牙士兵就纷纷逃窜。以至于喝得烂醉，还在睡梦中的西班牙总督居然只剩下自己的卫兵。
逃跑的西班牙士兵，被凶猛的高山族蛮人枭首。荷兰人则是另一种下场，因为他的粮食都依靠淡水的当地居民供应。当大明招讨使何无敌自厦门、金门起兵，率3万名将士及五百艘战舰，从金门料罗湾出发，经澎湖向台湾进军。
5月30日明军在鹿耳门（今属台南）登陆，在民众积极支援下与荷军展开多次激战。拥有火炮枪弹的明军武器精良，打得荷兰人抱头鼠窜，不得不窝在城内。
最终将荷兰东印度公司台湾长官和残敌围困在热兰遮城内。何无敌在“谕降书”中严正指出：“然台湾者，早为中国人所经营，中国之土地也，……今余既来索，则地当归我”。城外，大明军的弗朗机炮和野战炮发出怒吼，城外断绝饮食。荷兰守军外无援军，内无粮食。
围城1个星期后，荷兰的台湾长官不得不签字投降。至此中国人民收回了被荷兰殖民者侵占的宝岛台湾。
几百名垂头丧气的荷兰人和西班牙人本想在台湾大捞一笔，没想到明军很快回击。彻底收复了台湾。
嘉靖收复台湾后改赤嵌楼为承天府，设一府二县，另设一司为澎湖安抚司，总称台湾为东都，后郑经改称东宁。为纪念故土改称热兰遮城为安平镇。同时实行屯田政策，令三万大军娶当地移民以及高山族妇女为军眷随军赴各地大力垦荒，在南部和西部形成一大批村镇。
一年后，何无敌出任台湾府首任总督，并将台湾升格为省。在此设立东征日本基地，以此为征服日本的大本营。何无敌治理台湾时期，奖励制糖、制盐，兴办工商业，发展贸易，开办学堂，改进原住民的农业生产方式，推动经济、文化迅速发展。
同时，将台湾作为藩王宗室和大陆贫民的移民输出低，这大大降低了大明本土的财政压力。
这时，参加征服驱逐荷兰和西班牙战争的一名军官陈第写了一部《台湾开拓史》。
陈第本为古北口游击将军，后解甲归田，回到福建连江（今马祖岛）。1523年，何无敌大起兵。陈第参加了这次战斗，他对台湾番人的事很感兴趣，他根据居住台湾将近一年的经验作成文章。全文一千四百余字，记述台湾西部沿岸的原住民生活习俗与地理风光，为最早描绘台湾平埔族生活的著作。
这是最详