大明的军队扫清了西域省的整个北部，开始越过天山追击叶尔羌汗国赛义德汗。
其实，大明的军队早已翻过了天山，而且同时，章项阳派遣的五万大军已经攻进了库尔勒。另外，女真骑兵一部万余人与明朝骑兵一万人，步兵一万人，炮兵两千人携带火炮两百，早已翻越天山南下，他们和自青海出兵的西宁兵备道的骑兵一万，以及藏兵一万已在巴音郭楞大草原上会师。他们之所以不进军，是因为没有接到章项阳的命令，二是这西域省南部十分干旱，明朝军队的战斗力虽然强，但是如果他们进军太远，给养跟不上就很容易出问题。所以部队就停留在巴音郭楞的蒙古大草原上。
巴音郭楞位于西域省东南部，东邻陕甘省的甘肃部分和青海省；南倚昆仑山与西藏自治区相接；西连和田、阿克苏地区；北以天山为界与伊犁、塔城、昌吉、乌鲁木齐、吐鲁番、哈密等地、州、市相连。东西和南北最大长度为800余千米。巴音郭楞总面积48.27万平方公里，有四十余万人。巴音郭楞境域早在西汉初期，西域36国就有若羌、且末、小宛、山国、乌垒、仑头、渠犁、焉耆、危须等11个“城国”和“行国”分立。公元前60年，西汉政府在乌垒（今自治州轮台县境内）设西域都护府。
东汉永元三年（公元91年）东汉王朝时置西域长乐史于楼兰以统之。
唐贞观二十二年（公元648年）唐置焉耆都护府。
明嘉靖六年底，章项阳上奏嘉靖皇帝设置巴音郭楞巡抚，所属焉耆及库尔勒、布古尔以及整个巴音郭楞地区。此地光能资源丰富，年太阳总辐射5629-6562兆焦耳/平方米，比同纬度的华北地区偏多，其分布状况是焉耆盆地、库尔勒以南地区多轮台、巴音布鲁克少。巴音郭楞地貌分属天山山脉、塔里木盆地东部和昆仑山、阿尔金山等三个地貌区，基本格局似一个大“U”字型。境内有高山、盆地、河流、湖泊、戈壁、沙漠和平原绿洲。在巴音郭楞面积中，山地面积23．61万平方公里，占48．9%；平原面积24．66万平方公里，占51．1%；其中沙漠面积14．30万平方公里，占面积的29．6%。
天山，横旦于准噶尔盆地和塔里木盆地之间，为亚州最大的山系之一，在州境内长约950公里，宽140-200公里之间，走向大致呈北西西向。山间盆地和纵向构造谷地，把整个山系分割成许多山脉和山块。主要有北部的天格尔山，阿拉沟山，霍拉山等。昆仑山，位于塔里木盆地与藏北高原之间，自治州南