明军终于追上了葡萄牙名将巴拉雷，大明的印加人部队不敢单独与巴拉雷决战，这就让巴拉雷又一次安然撤到亚马逊森林深处。
赵江东的大明本土部队，和新赶到的西印度群岛来的大明新军则勇敢的多。他们追上了巴拉雷的部队，并与他多次交火。
葡萄牙残军的路易斯旅在撤退中走错了路，未能按时与巴拉雷会师。路易斯旅有六个步兵团、四个骑兵连，兵力约七千人。有人说他是故意和巴拉雷走散，但是萨拉马戈赶上了他。萨拉马戈一反常态，大发雷霆。萨拉马戈把部队的指挥权，拿过来由自己和巴拉雷指挥，纠正了指挥松散的错误。
随后的一个月的追击作战中，巴拉雷居然表现得一无是处，和在以前的战役中判若两人。几次错失战机，几乎陷萨拉马戈于死地。大家认为认为巴拉雷和他的部队在阻击明军的战役中筋疲力尽，未经休整就参战，是表现不佳的原因。还有巴拉雷是巧战型将领，他对萨拉马戈亲自指挥的与明军的力战很不适应。
一个月的战役中，萨拉马戈的指挥成就非凡，数次从赵江东手中逃走，而且没有遭到严重的损失。但让他失望的是，明军始终追着他跑，不管怎么样，他都无法摆脱紧追的明军。在亚马逊河，萨拉马戈一次又一次的仓促迎战大明军队。
后来，巴拉雷恢复了状态，靠着巴拉雷的顽强防守，萨拉马戈逃脱了全军覆灭的危机，但是他永远也没有再次赢得战争的可能。因为，双方的实力对比实在太悬殊了。大明军队的两路人马会师后，沿着东西线对葡萄牙人发起了猛攻，他们合击巴拉雷。
终于，在亚马逊印第安森林部落的帮助下，大明军队将葡萄牙人围困在了亚马逊森林一个不足五平方公里的小块土地上。围歼战役打响。在五倍于己的敌人面前，葡萄牙人的司令萨拉马戈大胆分兵，再次依仗“石墙”。巴拉雷义无反顾地开始了他最后一战。
两路大明军队同时向巴拉雷进攻。武万军正要出发，一位居民来报：巴拉雷的专列停在共和港，部队在镇外，卫队人很少。武万军亲率三百五十名骑兵偷袭。武万军驱散，巴拉雷的卫队，巴拉雷正准备去视察莱塔部，听到枪响策马逃跑，两名参谋被俘。
脱险后，巴拉雷马上调军反击，武万军不敌，与赵江东汇合。但是，大明军队的包围圈这时已经无法打破了，明军调集了大明日本归顺军再次发起冲锋，同时大明的骑兵队伍也随同一起向葡萄牙人猛攻。
在战场上，巴拉雷大明军队骑兵围住，遭近距离的步枪