看，你很难指望北部的撒哈拉沙漠，以及半干旱的萨赫勒地带，能够为乍得湖提供多少水源。真正能够依靠的，只能是来自南部热带草原区的河流。这其中发源于中非境内，透过乍得西南部，并最终在尼日利亚-喀麦隆交界处合流注入乍得湖南部的沙里、洛贡两河，就占了乍得湖水源的三分之二。
由于热带草原气候区雨、旱两季降水差异巨大，乍得湖水的水域面积也变化很大。
如今，乍得湖雨季的面积有2.2万平方公里，相当于五个大明本土最大湖泊“青海湖”的面积。不过在撒哈拉还是温润森林地带时，能够四面补水乍得湖，湖域要宽阔的多。高峰期能够达到将近40万平方公里的湖面，这相当于大明湖广省的面积。那时，它不仅能够填满整个乍得盆地，还能够溢出并通过上游河道，与西面的尼日尔河、东面的尼罗河流域连通。这一时期的乍得湖也被称之为“乍得海”。
与欧洲地势皆然相反的是，非洲是一处以高原地形为主的大陆。这片高原大陆内部高低错落。乍得湖及其周边低地区，就是一片被高地包围的地质凹陷区。这些高地计有：北部位于撒哈拉腹地，阿尔及利亚-利比亚-尼日尔-乍得四国相接地带的阿杰尔高原、阿哈加尔高原、提贝斯提高原；东、西部则为同处萨赫勒地带的阿伊尔高原（尼日尔中部）、萨赫勒地带的“达尔富尔高原”（苏丹西南），以及南部热带草原地带的乔斯高原、阿达马瓦高原（尼日利亚境内）。这个包含乍得湖在内的凹陷区，被称之为“乍得盆地”。
即使在撒哈拉气候进入干旱期后很长一段时间，乍得湖在丰水期依然能够与东西条大河相通。这使得源起于中西非地区的黑皮肤“苏丹尼格罗人”，有机会沿水岸迁徙至尼罗河中游的东苏丹地区，与在下游建立古埃及文明，并沿尼罗河南下的闪含民族发生碰撞，开启东非的种族混合史。在撒哈拉地区沙漠化后，湖面大幅缩小的乍得湖也不再有自然连通两端的作用。不过即使如此，淡水湖属性的乍得湖仍不失为一片水草丰美之地。
作为一个没有出海口的内陆湖，乍得湖的淡水属性并不常见，甚至可以称得上是个奇迹。果乍得湖是一个终端湖的话，那么它的盐度上升就是必然。除非它并不是一个终端湖，而是一个中继湖。
乍得湖并非乍得盆地的最低点，在它东北部约400公里，靠近乍得、尼日尔边境处有一片海拔更低的“博德莱洼地”，前者海拔低点约在270米，后者则仅有155米。通过地下岩缝，乍得湖水最终得以渗排向博德莱洼地