下忍培养为中忍，高中则负责将中忍培养为上忍。
忍者中学与忍者小学不同，忍者小学学习的东西很全面，但进入中学之后，这些下忍便能够根据自己擅长的选择不同的学习方向，初中由中忍担任教师，高中由上忍担任教师，为此，沐森还特意从火之国大名借调了一些中忍和上忍，还将自己先前安排出去隐秘发展的山忍部下全部召集了过来。
毕竟想要实现沐森的构想，所学要的忍者教师也不是一个小数目，但只要一旦发展起来，那么这样的缺口压力便会越来越小，用不了多久，木叶的实力便会突飞猛进，这也正是沐森所想要看到的局面，只有如此，他的计划才能更有把握。
至于最后的忍者大学，那就不得了了，沐森将它的目标设定的是培养精英上忍以及影级强者，只有实力达到精英上忍的水平，才算是真正从大学毕业，不过想要进入忍者大学，那条条件就十分严苛了，除非是高中毕业时各项评分都十分高的，又或者是天赋十分好的，否则根本没有机会进入忍者大学。
改革之后的木叶教育体系，沐森还给它安排了一位重量级的负责人，他便是三代火影猿飞日斩，虽然他被沐森推下了火影的位置，但是猿飞日斩毕竟有着‘忍术教授’之称，由他来负责培养木叶的未来最合适不过了，他本来对此自然也没什么意见。
除了教育体系改革外，沐森还成立了研究部，负责人自然是大蛇丸，负责各种忍术、禁术以及忍具的开发，而且沐森还特批大蛇丸可以进行活体研究，当然所用的大多是一些动物、通灵兽，如果是忍者的话，也只能使用他国忍者或者是山贼、罪犯进行实验，当然这一切都是隐秘进行的，知道的人也只有木叶高层而已。
对于活体研究，沐森倒是不在意，反正被研究的也不是火之国的人，那些被抓的忍者大多是窥探火之国的他国暗部以及在火之国为非作歹之人，正好可以用来实验，也算是物尽其用了，至于大蛇丸是不是敢背地里搞鬼，沐森也并不在意，在绝对的实力面前，一切阴谋诡计都是白费的。
除了这两样改革之外，沐森还建立了参谋部，负责替他这个火影处理日常事务，整理后给他审阅一下就行了，这样他也能从日常的繁琐中解脱出来，参谋部里的人大多都是木叶豪门的人，这样一来，沐森既给了他们权利以示拉拢，也让他们相护牵制，一举两得。
当然，这样的大改革自然也让木叶豪门有所不满，毕竟按照沐森的改革来，随着平民忍者越来越多，实力越来越强，那么木叶豪门便也失