刘阿知在短短三个月时间里，便彻底平定了倭岛。然而对于刘阿知来说，平定倭岛容易，治理起来却是更加需要花费心思的事情。刘阿知以福冈城为翻版，推广屯田之法，与民休养，恢复倭岛生机。同时，将蜀汉先进的文化在倭岛内推广开来，尤其开始去倭化时，大力推广汉语与汉字，废除旧有的倭话与倭字，已达到彻底归化倭人
的目的。
为了能够增加汉人在倭岛的实际控制力，刘阿知下令前来倭岛的汉军士卒可以优先迎娶倭人女子，从血统上将倭人汉化。
至于倭人军队保留问题方面，刘阿知经过再三思索，将原来的倭国人马去除老幼弱，只留精锐壮丁，统一整编成汉倭军，仅仅保留三万汉倭兵编制，维持地方治安。而对于那些原来各倭国的官员采取异地任职方法，从事地方管理工作，并派出信使回华夏报刘谌知晓，将倭岛的情况向上汇报，等候刘谌下一步命令。