等到李时珍的化验结果出来，就可以确诊了。
他从皇帝的脓血中，除了发现大量的被江南医院命名为‘佛郎机病原体’的梅毒螺旋体外，还有大量的金黄色葡萄球菌、溶血性链球菌等，所以皇帝其实是杨梅疮合并一系列化脓性炎症了。
虽然查阅内起居注和太医院医案的要求被拒绝，但万密斋和李时珍还是能凭借丰富的经验、科学的化验结果和冯公公提供的问询口供，大体倒推出皇帝发病的过程：
佛郎机病原体进入人体之后，通常会有二三十天左右的潜伏期，以皇帝正月下旬的开始发病的时间来计算，所以他感染的时间应该在去年腊月下旬。
通常来讲，第一期的佛郎机病是不足以致命的。但皇帝身子骨被酒色掏空了，十分虚弱，自身免疫力十分低下，导致佛郎机病原体在体内迅猛繁殖。可太医完全没往这个病上想，只以皇帝是操劳过度、又滥用补药导致上火的结果。所以只开了些清热解毒下火的药，非但没有效果，还把治疗的黄金时间都耽误了。
等到上月廿二，皇帝再次病倒时，佛郎机病已经发展到了第二期。其实这时候太医已经诊断出是什么病了，但他们没有把握治愈此病，也不敢担责任用虎狼之药。结果让皇帝的病继续发展，导致身体多处合并感染，整个人惨不忍睹了。
“也就是说，佛郎机病只是诱因，要命的是感染。下一步就是败血性休克、多重器官衰竭，连命都保不住了……”李时珍摘下手套，一边用大瓶的酒精给双手消毒，一边淡淡道：“所以现在最重要的是抗感染治疗，如果能成功，说不定还能有几年圣寿。”
“如何治疗呢？”赵昊心情沉重的问道。
“传统疗法无非就是防风通圣散加减。”万密斋便缓缓答道。皇帝的病情虽凶猛，但并不是什么疑难杂症，所以治疗方案也很清楚。“再结合新医学的抗菌抗病毒治疗，应该很快就会见效。”
“嗯。”李时珍认同的点点头道：“其实不管传统还是科学，这病关键就在一个‘毒’字上。毒邪不祛则诸症难平。从这点来说，太医院那帮废材所用清热解毒凉血泻火诸法，并非不对证，只因攻逐邪毒之力不专，荡泄火毒之途不畅，所以没什么卵用。”
“不错，此病宜急攻毒荡浊，顿挫毒势，方可拔除病根。所以防风通圣散不能遣用原方，此时非速攻则难扼病势啊。”万密斋又细细推敲道：“我欲于原方减去芎、归、桔、术，加用葛根、羌活、青蒿。”
“这样疏风解毒变为了发汗