大兴于唐朝，大成于明朝，大成而若缺，这一缺，就是500多年。
道家的《道藏》、佛家地《大藏经》、明《永乐大典》、李时珍的《本草纲目》、许仲琳的《封神演义》等均完成于明代。在这一特殊的历史背景下，玄门九真也达到了一个新的高峰，走向了“圆融三教、九脉合真、万法归宗”地完善时期。
公元1419年，即大明成祖永乐16年，农历己亥年二月十五太上老君地圣诞之日，华夏地修炼界举行了前所未有的九脉合真之盛举。
当时，天下道林五门九派八十一脉的掌门人和传人们。共聚太上道祖“玄妙宫”中，将道林修真之道，进行了史无前例的大融合、大切磋、大交流、大统一，从而在理论上实现了九九归真，万法同宗。在实践上则力行三界修行法，万乘统元功。万法归一归真宗，万法归一归真元。玄门应该以老子的《道德真经》为修真指南。奉道向化，以道立教，以道化人；要以尊道贵德，利物济生为无上总纲；以修真行道，无量度人为修行入门；以中正立业。圆满功德，为精进梯航；以天人合一，与虚混元，为全真境界；以净化人生，圣化世界为究极目的。
明时九脉合真以武当为尊。
在1995年1月由学苑出版社出版发行地《真元宝笈》一书中也对九脉合真有所记载：
自黄帝域分九畴。制剑印令，而诸技演为数术。文王演卦复使伏羲爻传动静。老子西行，紫气东来。一气三清，道德千言，开秦汉神仙法脉。时人所崇，诸宗而示，至唐文明繁荣，“崇太素，乐无为”。“夫将欲驾横海之大航，拯迷途于彼岸者”。“运三密于瑜珈，契无生于悉地”。“启运大雄，垂教千载，冥符三乘”，兹有神州风采。是时三教绝伦。西域花语，瀛州梵闻。新罗番唱，怀仁历数十年而积右军书做圣教，笔墨翻飞，合鸣驰神，水陆风光。汉唐之贤侠剑道至宋元而列九脉，修真事仙推太上为祖。历来师沿宗流，内含三昧，精循太乙，潜藏神、慧、飞三剑，弘老子真元之气，倡武学、兴丹道而隐迹山林。此风漫演为真，融为一脉，力注大千，统归传统法乳。古往今来，少有文字记载，只在口授相袭
九脉合真，结束了国术中武学与修道文化史上的千百年来的学术分歧，留下了“一脉真谕的万古心法真传，又称《九真秘谱》。
《九真秘谱》是九真至尊首领，口授心传之真宗。《九真秘谱》：代代口传，法不传六耳；不立文字，见象色为魔；九真信物，不见于形象。凡正宗真传的九真传人，皆有三